Святой Кирилл, возвратившись в Александрию, продолжал управлять Церковью до смерти своей в 444 году. Полный ревности к вере истинной, он заботился об искоренении в Египте остатков язычества. Богословские его творения имеют великую цену для Церкви: главным их предметом был догмат воплощения и опровержение лжеучений относительно этого догмата. На все книги Священного Писания он написал толкование. Ему приписывают составление молитвы Пресвятой Богородице
Вскоре новые смуты возникли в Константинополе. Благочестивые епископы, истинно желавшие блага и мира Церкви, боялись возбуждать богословские споры, столь опасные для христианской любви; они знали, сколько эти споры, столь опасные для христианской любви, возбуждают взаимной вражды, как часто они служат предлогом для корыстных целей, орудием ненависти и честолюбия. Но не таков был преемник Кирилла Александрийского Диоскор, человек честолюбивый и гордый; из личных видов своих он стал покровителем новой ереси Евтихия.
Евтихий был архимандритом одного из Константинопольских монастырей — и ревностным противником Нестория. Но, опровергая лжеучение Нестория, он впал в новую ересь — видоизменение несторианства. Он утверждал, что в Господе Иисусе Христе человеческое естество было совершенно поглощено Божеством, и потому в Нем следует признавать только одно Божеское естество (отсюда название этой ереси
Миролюбивому Флавиану нежелательно было поднимать спор; он знал, как легко в таком отвлеченном вопросе придать всякому необдуманному выражению значение ереси; и, боясь нарушить только что водворившийся мир, он всячески старался частным образом привести Евтихия к сознанию своего неправомыслия; но все было тщетно, и собор должен был принять обвинения и призвать Евтихия к ответу. Евтихий несколько раз отказывался явиться; и лишь по третьему зову явился с вооруженной стражей. На вопросы епископов он отвечал двусмысленно, оказывал пренебрежение Флавиану; но был уличен в ереси и определением собора лишен церковной степени.
Евтихий не покорился этому решению и требовал пересмотра дела. Он имел сильных покровителей при дворе слабого Феодосия; они обвинили Флавиана в ереси и убедили царя созвать собор в Ефесе в 449 году. Диоскор на нем председательствовал: он признал изложение учения Евтихия правым и произнес низложение Флавиана. Толпа монахов, фанатически преданных Евтихию, вместе с вооруженными воинами, которых призвал Диоскор, набросилась на Флавиана: ему нанесли столько тяжких ран, что он скончался через несколько дней. Среди шума и смятения кончился этот беззаконный собор, справедливо заклейменный названием Разбойничьего собора.
Тогдашний папа Римский Лев и множество епископов восточных стали настойчиво требовать, чтобы император снова созвал Вселенский собор; но Феодосии внезапно скончался, и уже сестра его Пульхерия и супруг ее, император Маркиан, в 451 году созвали Четвертый Вселенский собор в Халкидоне.
Заседания Собора происходили в церкви святой мученицы Евфимии при участии 630 епископов, в присутствии императора и императрицы; председателем был патриарх Анатолий, преемник Флавиана. Ересь Евтихия была осуждена; Евтихий и Диоскор низложены и изгнаны; повторено осуждение ереси Нестория, и по прочтении письма папы Льва изложен догмат, что Иисус Христос есть истинный Бог и истинный человек; по Божеству Он вечно рождается от Отца и во всем Ему подобен; по человечеству же Он во времени родился от Пресвятой Девы Богородицы и во всем подобен нам, кроме греха; по воплощении Он имеет одно лицо и два естества, соединенные в Нем
Собор Халкидонский подтвердил определения бывших прежде трех Вселенских соборов и семи Поместных и равенство Константинопольской кафедры с Римской, которой она уступала только место.
Прошло столетие после Халкидонского собора, но споры и смуты не прекращались между ожесточенными партиями, из которых одна держалась несторианства, другая евтихианства; и те, и другие старались оправдывать свои мнения ссылками на писания отцов Церкви, толкуя выражения их по-своему. Эти споры, распространяя смуту в умах, дошли до такого раздражения, что оказался необходимым новый Вселенский собор, Пятый. Он созван был в 553 году в Константинополе Юстинианом I. То был император, знаменитый в истории и гражданской, и церковной; глубоко вникая во все вопросы своего времени, он поставил целью своей жизни умиротворить Церковь.