Вскоре после переезда в штаб-квартиру «Амана» на улице Кирия Амит попытался снять напряженность в отношениях с «Моссадом». Считая, что интересы защиты Израиля были выше мелкой ревности и соперничества, он предложил установить тесное взаимодействие между всеми разведывательными службами.
После попыток примирения, длившихся несколько недель, напряженность и враждебность между спецслужбами только усилилась. Их раздирали не просто разногласия, у них была противоположная ментальность. Харел был оперативным виртуозом, а Амит — военным стратегом. Харел месяцами самозабвенно носился по Европе в поисках маленького Йосселе Шумахера или какой-то другой добычи, спал на раскладушках, уходил от слежки. Военные разведчики находили эти методы и результаты такой работы смехотворными, поскольку в конечном счете агентура «Моссада» не могла сделать ничего существенного в отношении военной мощи; арабских стран.
Высшее армейское командование, естественно, ожидало, что назначение Амита на пост директора «Моссада» положительно скажется на практической разведывательной отдаче этого агентства. Он был выходцем из армейской элиты, и можно было ожидать, что совмещение постов начальника «Моссада» и «Амана» пойдет на пользу военной разведке. До сих пор никто не совмещал этих постов.
Новое назначение Амит не рассматривал как подарок судьбы. Он был первым «варягом», ставшим директором «Моссада», и оказался в довольно невыгодном положении по сравнению со своим предшественником, который на протяжении 12 лет формировал «Моссад» и «Шин Бет» в соответствии со своими собственными представлениями. Большинство работников не хотели и не могли забыть Харела. Они считали «мемунеха» легендой своего времени и патриархом тайного сообщества.
Когда Амит первый раз появился в штаб-квартире «Моссада», недалеко от прежнего места службы, его встретили очень холодно. В отличие от своих новых подчиненных Амит был в военной форме, причем в генеральской. Первым его встретил Харел, «кислый, как лимон». Уходящий шеф «Моссада» произнес несколько дежурных слов, затем поднялся и ушел, а его три секретарши горько зарыдали.
На следующий день, 27 марта 1963 г., на стол нового начальника «Моссада» легла только что полученная шифровка. В ней выражалась обеспокоенность по поводу ухода Харела и содержался призыв «принять все возможные меры для его возвращения». Шифровка была подписана главными представителями «Моссада» в Европе, но под ней стояли не имена, а псевдонимы, и Амиту пришлось выяснять у своих помощников, что ее подписали ветеран марокканской операции Шмуель Толедано, резидентов Париже Ицхак Шамир, а также Мордехай Алмог и Йозеф (Джо) Раанан.
Толедаио и его коллеги взвешивали возможность коллективного ухода в отставку, но ограничились резкой телеграммой. Этот протест был гораздо мягче «бунта шпионов», который имел место 22 года назад, когда проводилась реорганизация политического департамента министерства иностранных дел. И все же Меир Амит пошел на этот трудный старт в атмосфере всеобщей озлобленности.
Амит не испытывал симпатий к авторам коллективных петиций. Он происходил из другой среды, где строгое соблюдение военной дисциплины было законом. Если командир выбывает из строя или покидает поле боя, его можно и нужно заменить.
Новый шеф «Моссада» сразу обозначил свое кредо: «Мне не нравится ваше поведение, — писал он, — я не привык к коллективным протестам».
Накопившаяся напряженность и даже враждебность между спецслужбами подтолкнула Амита к проведению, расследования операций Харела против немецких ученых в Египте. Кабинет министров создал специальную комиссию, и перед выступлением на комиссии Харел получил доступ к досье «Моссада». Этот конфликт стилей и личностей так никогда и не получил своего разрешения. Даже спустя несколько десятилетий Амит и Шамир, ставший к тому времени премьер-министром, не могли сказать ни одного доброго слова друг о друге. Амит и Джо Раанан не скрывали своей враждебности еще с 1970-х годов, когда оба возглавляли экономические конгломераты. Однако самая сильная неприязнь существовала между Амитом и Харелом, которая с годами, как старое вино, только набирала силу.
В 1963 году Амит, однако, съездил в Париж для примирения со своими европейскими оперативниками. Он также сделал одного из протеже Харела, Якова Кароза, своим заместителем. Кароз, возглавлявший политическое направление и отвечавший за связи с иностранными партнерами, служил в агентстве с самого его основания как один из «альтернативных дипломатов». Он принял предложение Амита, чем немного успокоил рьяных приверженцев Харела.
Перемены в израильском правительстве также способствовали снижению напряженности. В июне 1963 года, спустя всего три месяца после того, как Бен-Гурион отправил Харела в отставку, сам «Старик» оставил пост премьера. Он устал от внутренней борьбы в партии «Мапай» вокруг «дела Лавона». Провалы израильской разведки в Египте подтачивали его политическую базу и в конце концов спустя 9 лет после провала самой шпионской сети опрокинули его.