Борьба против нововведений Никона приняла острый характер, когда в нее активно включились многочисленные массы народа — крестьяне и посадские люди. Старообрядческое движение (вплоть до начала XX в. именовалось «расколом»), во главе которого стоял протопоп Аввакум, отличалось социальной неоднородностью, его участники зачастую преследовали диаметрально противоположные цели. Зажиточные слои населения — бояре и купцы тяготели к компромиссу с государством и Церковью, крестьяне и посадские люди — в различных, часто стихийных формах выражали свое отрицательное отношение к самодержавию и крепостничеству. Существование различных группировок в дальнейшем привело к дроблению старообрядчества на многочисленные направления — толки и согласия, главными среди которых стали поповцы, безпоповцы и беглопоповцы.
На протяжении 300 лет Русская православная церковь предавала старообрядцев (противящихся соборным установлениям Церкви) анафеме, считая удержание их богослужебной практики противоречащей древнейшим традициям — большая часть из них была введена решениями Стоглавого собора (1551 г.). Старообрядцы преследовались и ссылались, но большая их часть бежала на окраины России. Лишь в 1971 г. Поместный собор РПЦ пересмотрел свое отношение к старым обрядам, признав их равночестными, и отменил анафему в адрес их придерживающихся.
Попытки же патриарха Никона утвердить приоритет духовной власти над светской — возвысить честь патриаршества перед честью самодержавия и наладить их симфоническое взаимодействие, потерпели неудачу. На Соборе 1666 г. он был лишен сана и сослан в монастырское заточение, где умер в 1681 г.
• 1721 г. — окончательное подчинение Церкви государственной власти, полная ликвидация патриаршества, учреждение Святейшего правительствующего синода, который возглавлялся царским чиновником — обер-прокурором. Правда, за Церковью оставались некоторые государственные функции: запись актов гражданского состояния, руководство начальным образованием, наблюдение за политической благонадежностью граждан и др.
И все же, до Октябрьской революции 1917 г. Русская православная церковь занимала привилегированное положение во многих областях общественной жизни:
4 марта 1917 г. новый обер-прокурор Синода В.Н. Львов от лица Временного правительства объявляет «каноническое освобождение Церкви»: из зала Синода был вынесен царский трон как символ власти — было продемонстрировано упразднение зависимости Церкви от государства. По подсказке Львова, Синод принимает воззвание к верующим о необходимости лояльного отношения к Временному правительству и молитв за него. Это один из последних актов старого Синода, назначенного еще царем. В апреле был сформирован новый Синод, из прежнего состава в него вошел только один архиепископ Владимирский Сергий (Страгородский). Началась активная подготовка к Поместному собору, главной задачей которого считалось восстановление патриаршества — выборы патриарха.
15 августа 1917 г. в Москве с необычной пышностью открылся Поместный собор Православной церкви. В Соборе приняли участие 576 человек, из них 277 человек — духовенство; в основном это была церковная аристократия: 10 митрополитов 17 архиепископов, 53 епископа, 2 протопресвитера, 15 архимандритов, 2 игумена. Среди мирян было 11 титулованных особ (7 князей и 4 графа), 132 представителя высшего чиновничества, 22 помещика, 24 фабриканта и банкира.