Цезарь прежде всего поспешил в Рим, куда прибыл в сентябре 47 г. В Италии после спекулятивного подъема 50-х гг. наступила депрессия, еще более усилившаяся из-за гражданской войны 49 г. и общей нестабильности обстановки. Уже в конце 49 г. Цезарь принимал кое-какие меры для облегчения положения должников. В 48 г. претор Марк Целий Руф, цезарианец, внес предложение об отсрочке платежей на 6 лет. В качестве судьи он решал дела в пользу должников. Это вызвало волнения, и Публий Сервилий, коллега Цезаря по консульству, провел через сенат запрещение отправлять ему магистратуру. Тогда Руф соединился с Милоном, самовольно вернувшимся из ссылки (он был исключен из амнистии 49 г.). Они попытались поднять восстание на юге Италии, и оба при этом погибли.
В 47 г. положение стало еще напряженнее. В этом году ординарные магистраты отсутствовали, так как Цезарь после Фарсала вторично был провозглашен диктатором, а без него нельзя было выбрать должностных лиц. Италией с большим произволом управлял Марк Антоний в должности начальника конницы при Цезаре-диктаторе. Народный трибун 47 г. Публий Корнелий Долабелла возобновил предложение Руфа, чем вызвал новые волнения. Антоний подавил их вооруженной силой, но добиться полного спокойствия не мог.
Неспокойно было и в Испании: там среди римских гарнизонов, состоявших из бывших солдат Помпея, царили помпеянские настроения. Но главные силы республиканцев сосредоточились в Африке под защитой нумидийского царя Юбы. Туда после Фарсала бежали все вожди помпеянцев. Там находились: Квинт Цецилий Метелл, тесть Помпея; Петрей и Афраний, бывшие легаты Помпея в Испании; Тит Лабиен, изменивший Цезарю в начале гражданской войны; Гней и Секст, сыновья Помпея; Катон Младший, главный идеолог движения, и много других. В Утике заседало второе правительство — помпеянский сенат. Туда же постепенно собрались обломки разбитой при Фарсале армии и остатки помпеянских гарнизонов с Балканского полуострова.
Ко всему этому прибавился мятеж легионов, стоявших в Кампании и приготовленных к отправке в Африку. В большинстве они состояли из старых солдат Цезаря, которые до сих пор еще не получили обещанных им наград. Праздная жизнь совершенно их деморализовала. Цезарь долго отсутствовал. Поэтому, когда солдаты получили приказ отплыть в Сицилию, среди них вспыхнул мятеж. Они убили некоторых командиров, которые пытались им помешать, и двинулись на Рим.
В этот момент среди них неожиданно появился Цезарь. Его присутствие, обычное спокойствие, умение говорить с солдатами сразу успокоили умы: мятеж прекратился без применения насильственных мер.
В Риме Цезарь также быстро установил порядок и ослабил недовольство, дав отсрочку платежей по долгам и квартирной плате. Нуждаясь в поддержке плебса, он выразил неодобрение мерам Антония. На оставшуюся часть года были избраны должностные лица.
Покончив с этими делами, Цезарь в конце 47 г. высадился в Африке с 6 легионами. Первое время, пока не пришли подкрепления, его сильно тревожила конница Юбы и Метелла. Пришлось соорудить сильные укрепления. Затем подошли резервы. При Тапсе, на восточном побережье провинции Африки, 6 апреля 46 г. произошла битва. Пехота Цезаря напала на противника, когда он был занят постройкой лагеря. Неприятельские слоны, испуганные метательными снарядами, кинулись на своих. Помпеянцы побросали оружие и умоляли о пощаде. Но разъяренные солдаты Цезаря, не слушая приказаний командиров, никого не брали в плен. Говорят, что помпеянцы в этот день потеряли 50 тыс., а Цезарь — 50 человек.
В это же самое время другая армия Цезаря разбила Юбу и заняла Нумидию. Большинство республиканских вождей погибли: Цецилий Метелл, Юба, Петрей, Афраний. Катон, не желая пережить падения республики, покончил жизнь самоубийством в Утике, за что получил прозвание Утического. Только Лабиену и обоим сыновьям Помпея удалось бежать в Испанию. Нумидия была превращена в провинцию Новая Африка.
28 июля 46 г. Цезарь прибыл в Рим и отпраздновал четверной триумф: над Галлией, Египтом, Понтом и Нумидией. Однако борьба еще не закончилась. Остатки помпеянцев собрались в Испании и дали там последний бой Цезарю. Среди испанских гарнизонов, как указывалось выше, было много сторонников Помпея. Лузитаны и кельтиберы издавна представляли горючий материал, готовый вспыхнуть от любой искры. Между помпеянцами в Африке и Испании существовала связь еще до Тапса. После поражения в Африке сыновья Помпея завладели Балеарскими островами, а затем переправились на материк. К ним примкнули остатки африканской армии. Наместник Дальней Испании был изгнан, лузитаны и кельтиберы примкнули к помпеянцам.
Таким путем в Южной Испании собрались крупные силы. Легаты Цезаря не могли с ними справиться. Поэтому в конце 46 г. Цезарь сам отправился в Испанию со своими лучшими войсками. 17 марта 45 г. при г. Мунде 8 легионов Цезаря разбили 13 легионов противника.