Премьер-министр проводил не только аграрные преобразования, но и принимал меры к укреплению равноправия сословий, расширению прав национальных меньшинств. Однако в этом он был непоследователен, так как считал, что русские должны сохранять господствующие позиции в государстве. Так, Столыпин попытался ограничить права поляков при выборах в земства в западных губерниях. Эта мера не получила поддержки Думы, в связи с тем что правое крыло поддерживало польских помещиков, а левое считало недопустимым ограничивать права поляков по национальному признаку. В итоге Столыпин потерял поддержку Думы.
Одновременно влияние Столыпина снизилось и при дворе. Премьер-министр сосредоточил в своих руках такую власть, что его уже стал опасаться сам император. Консервативные круги двора обращали внимание Николая на то, что реформы не только укрепляют существующий строй, но и во многих отношениях расшатывают его. Национальные меньшинства считали Столыпина шовинистом. Его ненавидели и революционеры, которые не могли простить ему казней и считали необходимым сохранить общину. 1 сентября 1911 г. П. А. Столыпин был убит революционером Д. Г. Богровым, который одновременно являлся агентом охранки. Мотивы Богрова до конца не выяснены. Он мог выполнять задание политических противников премьер-министра или испытывать личную ненависть к нему.
Гибель Столыпина ослабила режим. Другого политика с такой волей в окружении царя не было. Николай и его супруга все чаще прислушивались к советам Г. Е. Распутина — простого крестьянина, который лечил болезненного наследника Алексея «мистическими» средствами. Распутин был необычной и сильной личностью, обладал острым умом, способностью к внушению. Сторонники считали его православным подвижником, старцем, а противники — проходимцем и аферистом. Пользуясь доступом к царю, Распутин обращался к нему с просьбами, в том числе коммерческого свойства. Получая за это деньги от заинтересованных людей, Распутин раздавал часть нищим и крестьянам. Распутин не имел ясных политических взглядов, но твердо верил в народную монархию (связь народа и монарха) и недопустимость войны. В 1912 г. он отговорил императора от вступления в войну на Балканах.
Для либеральной оппозиции Г. Е. Распутин был символом деградации монархии, суеверия царской семьи (верившей в способности старца к провидению и богообщению), коррупции в окружении самодержца. Либеральная пресса распространяла слухи о плутовстве и развратном характере Распутина. Николай высылал Распутина из столицы, но затем возвращал его по настоянию царицы.
Агитация против Распутина серьезно компрометировала монархию. Ее авторитет подорвало и дело Бейлиса — еврея, которого полиция обвиняла в ритуальном убийстве русского мальчика. Полицейские обвинения активно поддержали монархисты, считавшие евреев виновниками всех бед России. Монархисты распространяли «Протоколы сионских мудрецов» — якобы составленную руководителями мирового еврейства программу захвата мировой власти. Однако суд присяжных, рассмотрев обвинения против Бейлиса, в 1913 г. оправдал его. Это событие показало, что личность в России стала более защищенной от государственного произвола, чем ранее.
В первые годы после мятежа 1905–1907 гг. революционные партии были ослаблены, их вожди эмигрировали. В эмиграции развернулась острая фракционная борьба. Влиятельные меньшевики предлагали ликвидировать подпольную деятельность («ликвидаторы»). В 1909 г. от большевиков откололись так называемые «отзовисты», сторонники исключительно подпольных методов борьбы. Однако В. И. Ленин считал, что нужно использовать как нелегальные (подпольные), так и легальные (открытые, законные) методы работы.
В январе 1912 г. РСДРП окончательно раскололась. Несмотря на усилия Л. Д. Троцкого, примирения между большевиками и меньшевиками достичь не удалось, и Ленин создал собственный ЦК РСДРП(б).
В 1912 г. большевики провели несколько человек в Государственную думу и стали выпускать легальную газету «Правда». Один из депутатов-большевиков — Р. В. Малиновский — оказался агентом охранки, но Ленин утверждал, что польза от его работы была значительнее, чем ущерб от предательства.
Подобные проблемы преследовали и партию эсеров. Провокатором оказался руководитель ее террористической организации Е. Ф. Азеф. Когда это выяснилось, в 1908–1909 гг. разразился скандал, который нанес ущерб авторитету как эсеров, так и режима. Ведь, находясь на службе в полиции, Азеф организовывал убийства представителей самодержавия.
Часть оппозиционной общественности перешла на консервативные позиции. В 1909 г. известные философы П. Б. Струве, Н. А. Бердяев, С. Л. Франк и другие опубликовали сборник статей «Вехи», в котором осуждали революционность интеллигенции. Появление сборника было встречено большинством российских интеллектуалов враждебно. Они продолжали сочувствовать борьбе с самодержавием.