Осенью 1918 г. предпринята попытка подорвать позиции старой профессуры. С 1 октября 1918 г. отменялись все научные степени и звания; а преподаватели оказались выбывшими из числа сотрудников вузов и могли быть избранными лишь по всероссийскому публичному конкурсу. Это, однако, не привело к ожидаемым властью результатам: заменить вузовских «спецов» власти было некем, и большая часть преподавателей осталась на своих местах. В 1919 г. были ликвидированы гуманитарные факультеты университетов, которые заменили факультетами общественных наук и комплектовали более лояльными кадрами.
Новое наступление на высшую школу началось с конца 1920 г. Во главе МГУ был поставлен Временный президиум, состав которого частично назначался Наркомпросом, частично избирался. Председателем президиума стал назначенный Наркомпросом профессор-коммунист Д. П. Бла-голепов. Право замещения профессорских должностей перешло к Государственному ученому совету (ГУС) Наркомпроса. 3 декабря 1920 г. был опубликован Декрет СНК «О реорганизации преподавания общественных наук в высших учебных заведениях». Преподавателям предписывалось в сжатые сроки пересмотреть сквозь призму марксизма содержание курсов и обучать студентов на основе перестроенных по-новому программ. Несмотря на изменение качества образования, общее число вузов за годы гражданской войны выросло: в 1914 г. в России было 105 вузов, а в конце 1920 — 255, в которых обучались 216 тыс. студентов. Перестройка высшей школы продолжалась в 1920–1930 гг.
В сложных условиях войны и связанных с ней лишений происходило развитие отечественной науки. Большевики изначально ставили задачу привлечения ученых для развития производительных сил страны. Нехватка кадров и материальных ресурсов привела к тому, что в организацию научной деятельности стало активно внедряться плановое начало. Вопросы управления наукой были в центре внимания двух государственных учреждений: ВСНХ и Наркомпроса. В августе 1918 г. при ВСНХ был создан Научно-технический отдел (НТО), в задачу которого входило привлечение к социалистическому строительству сотрудников различных лабораторий, научных и технических обществ, опытных станций. В его составе создано Бюро иностранной техники, призванное отслеживать зарубежные научно-технические нововведения с целью их своевременного внедрения в нашей стране.
Если ВСНХ чаще ориентировался на прикладные аспекты научной деятельности, то Наркомпрос курировал более широкий круг вопросов организации науки. В феврале 1921 г. в его составе создан Академический центр, куда входил Государственный ученый совет (ГУС) с тремя подсекциями: научно-политической, научно-технической и научно-педагогической. В рамках этих направлений наркомат осуществлял руководство как научными центрами, так и высшей школой.
Весной 1918 г. устанавливаются рабочие контакты правительства с Академией наук (президент — А. П. Карпинский). Особенно активно действовала академическая комиссия по изучению естественных производительных сил России (КЕСП), в работе которой принимали участие известные ученые академики В. И. Вернадский, А. Н Крылов, Н. С. Курнаков, П. П. Лазарев, А. Е. Ферсман и др. В составе комиссии действовали 20 специализированных отделов. Всего же за 1918–1920 гг. было создано около 50 научно-исследовательских институтов, в числе которых такие известные, как Центральный аэрогидродинамический институт (ЦАГИ), Государственный физико-технический институт, Институт изучения мозга и психической деятельности, Рентгенологический и радиологический институт, Институт по изучению Севера. Символичным для нового характера отношений между наукой и властью стало участие 200 видных специалистов в работе Государственной комиссии по электрификации России, которая разработала план ГОЭЛРО. Этот комплексный перспективный план (рассчитан на 10–15 лет) предусматривал ускоренное развитие энергетики, тяжелой промышленности, рациональное размещение производительных сил.
Значительно сложнее дело обстояло с положением общественных наук. Дореволюционные философия, социология, экономика, право, история считались «зараженными» буржуазной идеологией и в подавляющей части непригодными для победившего пролетариата. Активное неприятие носителей «реакционных» взглядов было продемонстрировано насильственной высылкой за рубеж по инициативе В. И. Ленина в мае 1922 г. более 160 видных ученых-гуманитариев. В то же время, кадров образованных марксистов, необходимых для решения научных и педагогических задач, было катастрофически мало. Это вело к тому, что освоение марксистского наследия происходило одновременно с созданием учебных и научных центров коммунистического профиля, сопровождалось значительным упрощением и вульгаризацией социальной теории.