Таким неверующим элементом оказалось по преимуществу русское духовенство. Хотя шляхетская часть высшей украинской иерархии и продолжала держать сторону поляков и сам митрополит Дионисий Балабан уже в начале движения Выговского покинул Киев и удалился в Чигирин к гетману, однако другая часть иерархов и черного духовенства осталась верна московскому правительству; в числе ее находились Лазарь Баранович, епископ Черниговский, и Иннокентий Гизель, архимандрит Киево-Печерской лавры. А затем к Москве было привержено почти все белое духовенство, которое по своим интересам и чувствам стояло ближе к простому казачеству и черному народу. Из среды сего духовенства особенно выдвинулся своей преданностью и услугами московскому правительству нежинский протопоп Максим Филимонович. Например, когда окрестная Киеву область наводнилась казацкими и татарскими отрядами мятежника Выговского и сношения боярина Шереметева с Москвой и с другими воеводами до крайности затруднились, протопоп Максим учредил нечто вроде тайной почты: племянник его приезжал в Киев под предлогом собственных надобностей, сообщал Шереметеву о положении дел, получал от него донесения и отписки, которые отвозил в Путивль воеводе князю Долгорукому или в Белгород князю Ромодановскому; а от них эти донесения шли в Москву.
В конце октября с братом Данилом соединился сам гетман, и они вместе приступили к Киевской государевой крепости, имея у себя многие казацкие полки и татарскую вспомогательную орду. «Хотя бы у меня всех людей побили, а, не взяв Киева, не отступлю», – похвалялся Выговский. У Шереметева под рукой набралось около семи с половиной тысяч ратных людей против 50-тысячного неприятельского ополчения. Однако и на сей раз приступы были блистательно отбиты. После того гетман послал звать Шереметева на свидание. Они съехались за городом, и тут Выговский со слезами говорил, что он поднял оружие на царских воевод вследствие коварных изветов и писем каких-то изменников, которые старались поссорить его с Москвой, но что впредь он с государевыми ратными людьми биться не будет, а останется в подданстве великого государя; даже обещал приехать в Киев и принести новую присягу. После того он отступил и возвратился в Чигирин; но, конечно, и не подумал приехать в Киев для новой присяги, отозвавшись болезнью, а прислал вместо себя некоторых членов войсковой старшины. Любопытна эта постоянная и наглая ложь Выговского, уже заключившего формальный договор с поляками о своем подданстве Речи Посполитой. Очевидно, он вполне усвоил себе те приемы и способы, при помощи которых его знаменитый учитель Богдан Хмельницкий вел борьбу с Польшей. Только Выговский применил их к борьбе с Москвой. Он также постоянно призывает на помощь крымскую орду и отдает ей на разграбление и пленение селений и целые города. Ведя открытую борьбу с московским воеводами, он также продолжает уверять московское правительство в своем верноподданстве, принимать его посланцев и отправлять своих; а поведение свое объясняет главным образом обидами, которые будто бы причиняли ему присланные из Москвы воеводы, и преимущественно Шереметев. И все это он точно так же делает в ожидании более действительной помощи, то есть тянет переговоры, хитрит и лицемерит, ожидая прихода польских войск. Еще более любопытно то обстоятельство, что московское правительство, несмотря на явные измену и мятеж Выговского, не прерывает с ним обычных сношений и продолжает отправлять к нему своих посланцев для всякого рода переговоров. А патриарх Никон летом того же 1658 года, во время междоусобия Выговского с Пушкарем, через Загоровского, игумена лубенского Мгарского монастыря, приезжавшего в Москву, посылает гетману свое благословение и приказывает узнать, чем гетман недоволен. Но Загоровский оказался сторонником Выговского и старался в Москве оправдывать его поведение. Московское правительство долго не могло разобраться в совершавшейся путанице и распознать истинные чувства и отношения малороссийских деятелей, получая противоречивые известия и донесения. Но в то время, когда ясно обнаружилась измена Выговского, оно все еще медлит приступить к решительным против него действиям: с одной стороны, самое подданство Малороссии, столь еще недавнее, условное и неукрепившееся, замечаемые непостоянство и шатость умов в населении, малое еще знакомство с ее бытовыми условиями и народным характером, конечно, заставляли действовать осторожно, не спеша и затрудняли принятие решительных мер, а с другой – такая мера, как посылка больших войск, была не легко осуществима и потому, что военные силы московские в это время были разбросаны. Они занимали значительную часть новозавоеванного Великого княжества Литовского, а также расположены были на пограничье со Швецией, с которой еще не было заключено перемирие.
А перемирие с поляками уже было нарушено.