В то самое время, когда происходила Переяславская рада, Пушкарь пытался предупреждать московское правительство об изменнических замыслах Выговского и настаивал на том, что эта рада не настоящая, что Выговский выбран только своими сторонниками, что надо созвать большую войсковую и полевую раду при достаточном количестве черни, то есть простых казаков и запорожцев, и на этой раде выбрать гетмана. Но таким изветам не давали или не хотели дать веры, благодаря искусным проискам самого Выговского и его сторонников. Изветы шли не прямо к царю, а при посредстве путивльского воеводы боярина Никиты Алексеевича Зюзина и царского уполномоченного Богдана Матвеевича Хитрово; оба эти лица держали сторону Выговского, по-видимому задаренные им или привлеченные ласкательствами и тому подобными средствами. Зюзин даже прямо находился с ним в дружеских отношениях. Этот боярин, впрочем, в январе 1658 года был сменен на воеводстве в Путивле стольником Григорием Алексеевичем Зюзиным (вероятно, его же братом), который стал более осторожно относиться к Выговскому. Уже в январе еще до Переяславской рады началось первое междоусобие на Украйне при московском владычестве. Когда Выговский попытался склонить Пушкаря к примирению и отправил к нему своего посланца, тот велел заковать сего последнего в кандалы и посадить под стражу. Тогда Выговский отправил на Пушкаря часть своей казацко-сербской гвардии, около полутора тысяч человек. Полтавский полковник с запорожцами напал на этот отряд и разгромил его; потом он прогнал из Миргорода полковника Лесницкого, подручника Выговского, а миргородским полковником был сделан некий Довгаль. Тщетно новый митрополит Дионисий Балабан посылал Пушкарю увещательную грамоту и грозил церковным проклятием, если он не смирится. Пушкарь отвечал ему, что пусть он проклинает изменников, а не тех, которые верно служат его царскому величеству, и звал гетмана в Москву для оправдания перед самим царем. Гетман отклонил эту поездку под предлогом опасности покидать Украйну при ее смутном состоянии и послал в Москву Григория Лесницкого, который от имени полковников всего Войска Запорожского бил челом государю, чтобы Пушкарю особым царским указом велено быть в послушании у гетмана. При этом он коварно просил сделать перепись казакам и утвердил 60 000 реестровых, а всех гультяев исключить из войска; мало того, от имени гетмана и войска высказывал полное удовольствие по поводу намерения государя прислать своих воевод и ратных людей в более значительные города Украйны: тогда-де прекратятся всякие бунты.
Но и Пушкарь со своей стороны вошел в непосредственные сношения с московским правительством, и посланец его Искра доносил о тайных сношениях гетмана с Ракочи, поляками и ордой. Однако в Москве не хотели ссориться с Выговским, и Пушкарю была отправлена царская грамота с приказом жить с гетманом «в совете, любви и послушании».