Заняв место в ряду важнейших иерархов Русской церкви, Никон еще в больших размерах продолжал свои труды благотворения и церковного благоустройства. В Новгородском краю случился голод, и митрополит отвел у себя при архиерейском доме особую странноприимную палату, в которой ежедневно кормили нищих и убогих, а раз в неделю раздавали денежную милостыню из архиерейской казны. Кроме того, митрополит устраивал для сирот и бедных богодельни, на которые испрашивал вспомоществование у государя. Сам посещал темницы; причем не ограничивался подачей милостыни заключенным, но и рассматривал их вины и нередко возвращал свободу неправедно осужденным, так как государь поручил ему надзирать за гражданским управлением и правосудием в его митрополии. Алексей Михайлович успел так привязаться к Никону, что скучал по нему, поддерживал с ним оживленную переписку и требовал, чтобы он каждую зиму приезжал в Москву для доклада о нуждах своей епархии, а главное, для личной с ним беседы и богослужения. В то время для русских иерархов никто более Никона не обладал даром и умением устроять церковное благолепие и благочиние. Митрополит заботился о внешнем украшении церквей, благообразии и приличном одеянии клира, о чинном и благоговейном служении; завел в Новгородской Софии греческое и киевское пение, выбирал хорошие голоса для архиерейского хора и усердно наблюдал за его обучением. Скоро его певчие стали славиться не только в Новгороде, но и в Москве. И когда он приезжал с ними в столицу, то царь в праздники поручал ему отправлять церковную службу в своих придворных храмах. Сравнивая его благолепное служение с существовавшим в столичных церквах нестроением и разногласием в чтении и пении, государь, с благословения своего духовника Стефана Вонифатьева, начал требовать от московского духовенства изменения церковных порядков по образцу новгородскому; но встретил немалое прекословие со стороны патриарха Иосифа, не желавшего вводить никаких перемен.
При таких обстоятельствах застигло Никона народное возмущение на его митрополичьей кафедре.
Хотя мятежные движения 1648 года в Москве и некоторых других городах затихли, однако возбужденное ими брожение все еще продолжалось. В старых вечевых городах, Новгороде и Пскове, это брожение было, очевидно, сильнее, чем где-либо, и при первом же поводе перешло в открытый мятеж. Он начался с Пскова.