Главным зачинщиком мятежа явился посадский человек Трофим Волков. Рассказывают, что он коварным образом предупредил немецких купцов, будто новгородцы хотят их ограбить и побить как друзей и клевретов ненавистного боярина Морозова. Когда же испуганные иноземцы поспешили со своими товарами уехать из Новгорода и, по-видимому, присоединились к свите помянутого датского посланника, тот же Волков поспешил в Земскую избу с известием, что приятели изменника Морозова немцы отпущены с большой казной и уезжают в свою землю; тогда толпа догнала их, схватила, ограбила и заключила в тюрьму. Сам земский староста Гаврилов стал было во главе мятежников, но затем скрылся. Тогда толпа поставила себе в начальники митрополичьего подьячего Жеглова, посадского Лисицу и еще несколько человек из посадских, стрельцов и подьячих. Как и в Пскове, воевода окольничий князь Федор Андреевич Хилков тщетно пытался увещевать мятежников, а достаточной военной силы у него не было, чтобы смирить их оружием, ибо большинство стрельцов и других военно-служилых людей пристало к мятежу. Но тут на передний план выступил митрополит Никон. 17 марта в день Алексея Божия человека, то есть в именины государя, он за обедней в Софийском соборе торжественно предал проклятию новопоставленных народом начальников, называя их по именам. Но это проклятие только усилило ропот. Спустя два дня, возмущенная одним подьячим, толпа с шумом и при набатном звоне бросилась в Софийский кремль к дому воеводы. Князь Хилков по городской стене ушел в архиерейский дом. Никон скрылся в Крестовой палате и велел запереть двери Софийского дома. Но толпа высадила их бревном и ворвалась в митрополичьи кельи. Никон смело стал уговаривать мятежников; но его избили вместе с несколькими старцами и детьми боярскими, пытавшимися его защитить; потом повели его в Земскую избу. Дорогой, однако, он продолжал их усовещевать и упросил отпустить его в церковь Знамения, где чрез силу отслужил литургию; потом был положен в сани и совсем изнемогший привезен в архиерейский дом; тут соборовался маслом и приготовился к смерти.
Твердость митрополита и побои, нанесенные ему, произвели впечатление. Толпа затихла; а ее коноводы начали размышлять о последствиях своего дела, когда разгневанный царь пришлет войско для их наказания. Думая отклонить беду, они послали в Москву трех посадских, двух стрельцов и одного казака с челобитной, в которой пытались оправдать свои поступки слухом, будто шведские немцы, взяв государеву казну и хлеб, хотят идти на Новгород и Псков. Жаловались при сем на воеводу и митрополита: первый отпускает торговых людей в Швецию со съестными припасами и не велит осматривать у них товары на заставах, своих же голодом морит и не дает им топить избы в холодные дни; а второй самовластно проклинал новгородцев, бил разных людей и чернецов на правеже до смерти, хотел рушить Софийскую соборную церковь (т. е. переделывать), но народ этого ему не дозволил и тому подобное. Государь, конечно, знал уже подробности бунта из отписок воеводы и митрополита; хотя мятежники заняли заставы и старались не пропускать прямых известий в Москву.
Из Москвы сначала прислали одного дворянина с царской грамотой, которая требовала выдачи зачинщиков и коноводов мятежа; эта посылка тоже осталась безуспешна. Затем отправили боярина князя Ивана Никитича Хованского с небольшим отрядом, повелев ему остановиться у Спас-Хутынского монастыря, собирать ратных людей, поставить кругом Новгорода заставы, которые бы никого не пропускали, и посылать к мятежникам с увещаниями. Среди последних возникли несогласия, и лучшие или более зажиточные люди взяли верх. Поэтому новгородцы вскоре смирились и принесли повинную. Тогда Хованский приступил к розыску, а затем к наказанию более виновных. Волкову отрубили голову. Жеглова, Гаврилова, Лисицу и двух их товарищей в Москве также приговорили к смертной казни. Остальных коноводов велели бить кнутом и сослать, а некоторых отдать на поруки. Государь был недоволен медлительным розыском князя Хованского. Но Никон вступился за него и писал, что медлительность происходила не от нерадения; что он, митрополит, сам советовал ему поступать «с большим раз-смотрением» и работать «тихим обычаем», чтобы люди не ожесточились и не стали бы заодно с псковичами.
В Пскове мятеж не только не утихал, а все усиливался: часто звонил набатный колокол и собирал толпы для совещания или для всенародного розыска и расправы. Такому розыску подвергались и архиепископ Макарий, и бывший воевода Собакин (которого не отпустили в Москву), и новоназначенный князь В.П. Львов, и Ф.Ф. Волконский, который был прислан от царя в Псков для розыска о мятеже. Допрашиваемых обыкновенно ставили на опрокинутые чаны, нередко били и грозили смертью, называя их изменниками государю. У воеводы отобрали городовые ключи, порох и свинец.