По призывным грамотам царским в столицу съехались митрополиты, епископы, архимандриты, игумены, протоиереи и составили духовный собор для избрания патриарха. Это избрание происходило по составленному заранее «чину». Собор написал 12 мужей, достойных избрания, и представил их имена царю. Алексей Михайлович послал сказать собору, чтобы из этих 12 мужей избрали одного достойнейшего. Согласно с общеизвестным уже желанием государя, собор выбрал Никона. 22 июля члены собора явились в Золотую палату, где казанский митрополит Корнилий доложил государю о сем избрании. Затем духовенство отправилось в Успенский собор, куда прибыл и государь с боярами. После молебствия царь послал некоторых архиереев и бояр на Новгородское подворье за «новоизбранным патриархом». Но тут произошло неожиданное отступление от установленного заранее порядка. Никон, по возвращении в Москву расточавший ласкательства Стефану Вонифатьеву, протопопу Неронову и другим членам их кружка, с очевидной целью устранить всякое противодействие своему избранию, теперь, когда оно совершилось, вдруг стал отказываться от патриаршества. После неоднократного посольства, возвращавшегося с отказом, царь приказал неволей привести избранника в соборный храм, и здесь, у новопоставленных мощей св. Филиппа, всенародно умолял его принять патриарший сан. Никон – очевидно подражавший Борису Годунову – продолжал отказываться, считая себя недостойным сего сана. Наконец, царь и весь собор пали на землю и со слезами молили не отказываться. Тогда Никон, как бы тронутый этими молениями, сам заплакал и изъявил согласие, но небезусловно: стал говорить о неисполнении евангельских заповедей и церковных правил и соглашался быть архипастырем, если присутствующие дадут обещание слушаться его во всем, что касается церковного благоустройства. Царь, бояре и Освященный собор дали клятву на послушание. 25 июля 1652 года в том же Успенском храме митрополит Корнилий с другими архиереями совершил посвящение Никона в сан патриарха. Затем для новопосвященного и духовных властей царь давал торжественный пир в Грановитой палате. Во время стола Никон, по обычаю, вставал и ездил на осляти вокруг Кремля; а его осля водили бояре с князем Алексеем Никитичем Трубецким во главе.
Наступила эпоха безраздельного Никонова влияния на дела государственные и на всю политику его молодого державного друга.
В приведенном выше письме Алексея Михайловича к Никону упомянут некий Тимошка. Это был один из самозванцев, явившихся в конце царствования Михаила Федоровича. Кроме известного шляхтича Лубы, за царевича Ивана Дмитриевича выдавал себя сын какого-то лубенского казака Бергуна, уже умершего. По собранным в Москве сведениям оказалось, что этот так называемый Ивашка Вергуненок был взят в плен татарами и продан в Кафе одному еврею. Тут он тайно, с помощью одной женщины, выжег у себя между плечами какие-то пятна и стал их показывать как знаки его царского происхождения. Узнав о нем, крымский хан велел евреям его беречь и кормить, рассчитывая, конечно, воспользоваться им как орудием против Московского государства. Самозванца отослали потом в Константинополь, где его посадили в Семибашенный замок. Дальнейшая участь его неизвестна.
Гораздо более наделал хлопот Москве другой самозванец, отличившийся многими и разнообразными похождениями. То был Тимофей Акиндинов, родом вологжанин, сын мелкого торговца. С детства он проявил острые способности и хорошо выучился грамоте; потом попал в Москву и получил место подьячего в приказе Новой Четверти, куда стекались доходы от кабаков и кружечных дворов. Тут он втянулся в пьянство и игру и учинил растрату казенных денег. Опасаясь доноса от жены, с которой жил не в ладах, Тимофей отнес своего маленького сына к одному приятелю, а жену ночью запер и поджег свой дом, который вместе с ней сгорел; причем пострадали и соседние дома. Злодей бежал в Польшу. Он склонил к побегу и другого молодого подьячего, Конюхова. Там он стал выдавать себя то за какого-то князя или наместника Великопермского, то за сына царя Василия Шуйского. Очевидно, в Польше ему не повезло, и он бежал оттуда в Молдавию; господарь Василий Лупул отослал его в Константинополь, где его приняли и поместили во дворце у великого визиря. В Москве получили сведения о сем ловком обманщике от греческого духовенства и очень обеспокоились. Московские послы, стольник Телепнев и дьяк Кузовлев, потребовали его выдачи; но ничего не могли добиться, и тем более, что донские казаки в то время сделали морской набег на турецкие берега.