Уже в июле царь послал указ Никону выехать из столицы с царским семейством, чтобы уберечь его от заразы, в Троицкий монастырь. По Смоленской дороге и по другим главным путям из Москвы устроены были заставы, чтобы не пропускать зараженных в области, и особенно под Смоленск в царское войско. В столице принимались строгие меры для охранения от поветрия дворцовых и казенных палат; в некоторых окна и двери закладывали кирпичом и замазывали глиной. В зараженные дворы ходы заваливались и приставлялась к ним стража, никого не выпускавшая. Также и подмосковные деревни, если они оказывались зараженными, то окружались засекой и крепкой стражей, которая прерывала с ними всякое сообщение. На сторожах раскладывали частые огни.
При таких обстоятельствах не замедлило обнаружиться и народное неудовольствие против властей; особенно обратилось оно на патриарха. Поводом к тому послужили его слишком крутые меры для исправления икон и церковных книг. В Москве некоторые иконописцы стали тогда подражать западной, преимущественно итальянской, живописи. После отправления царя в поход, оставшись почти полным хозяином столицы, неукротимый патриарх, между прочим, обрушился на эти новонаписанные иконы. Он посылал отбирать их у частных людей и даже у самих бояр; затем приказывал прокалывать на них глаза или соскабливать с них самый лик; после чего стрельцы по его повелению носили их по городу и грозили наказанием всякому, который будет писать по этим образцам; некоторые соскобленные образа возвращались назад для их переписания. В городе многие с недоумением взирали на такие действия патриарха и считали его иконоборцем. Когда разразилась моровая язва, естественно, пошли толки, что это гнев Божий за оскорбление икон патриархом; стали собираться враждебные ему скопища. Но в это время Никон выехал с царским семейством. Тогда усилился народный ропот против него и его доверенного старца Арсения (Грека), главного справщика на Печатном дворе, по мнению некоторых перепортившего многие книги. 25 августа толпа собралась около Успенского собора, где был у обедни князь Пронский с товарищами; она жаловалась на то, что патриарх покинул столицу в беде, а за ним разбежались и многие попы, вследствие чего православные умирают без покаяния и причастия: требовали взятия под стражу патриарха и старца Арсения. Принесли и некоторые обезображенные иконы. Бояре увещевали народ и говорили, что патриарх уехал по государеву указу. Им удалось успокоить волнение, которое, впрочем, не раз возобновлялось. Царское семейство переехало в Калязин монастырь; грамоты, присланные из Москвы царице и патриарху, пропускались через огонь. Меж тем мор усиливался. В сентябре умерли оба боярина, оберегавшие столицу, князья Пронский и Хилков. Жители гибли тысячами. Ряды с лавками были заперты; дома знатных людей, кипевшие многочисленной дворней, опустели; воры воспользовались тем и разграбили несколько дворов. Для предосторожности от злоумышленников все кремлевские ворота и решетки были заперты; оставлена одна калитка, ведущая на Боровицкий мост. Только в октябре мор начал стихать. Царское семейство из Калязина монастыря переехало в Вязьму, где остановился государь. В начале декабря царь послал в Москву счетчиков, которые должны были сосчитать умерших жителей и оставшихся в живых. Оказалось, что в главных кремлевских соборах едва по одному священнику и дьякону было налицо; а в главных монастырях оставалось иноков или инокинь где третья часть, а где и гораздо менее того; соразмерная тому произошла убыль и в других частях населения13
.Вышеприведенные записки антиохийского архидиакона Павла Алеппского дают нам возможность ближе заглянуть внутрь Московского государства, когда оно подвергалось страшным опустошениям от моровой язвы.