Вслед за тем, именно 12 июня, еще до свету Морозов был отправлен в Кирилло-Белозерский монастырь под прикрытием значительного отряда из боярских детей и стрельцов. До какой степени Алексей Михайлович любил Морозова и заботился о нем, показывают сохранившиеся его грамоты к игумену, строителю и келарю Кирилло-Белозерского монастыря. Такова грамота от 6 августа: в виду обычной под монастырем Успенской ярмарки, то есть большого людского скопления, царь поручает им «оберегать Бориса Ивановича от всякаго дурна» и советует на это время увезти его в какое-либо другое более безопасное место, грозя великой опалой, если ему учинится какое-либо зло. А в конце августа царь пишет, что так как «смутное время утихает», то Борис Иванович пусть едет в свою тверскую вотчину, а игумен и старцы пусть проводят его «с великим бережением». На обеих грамотах имеются собственноручные приписки царя о самом тщательном охранении его «приятеля, воспитателя, вместо отца родного боярина Б.И. Морозова». А в конце октября того же 1648 года мы встречаем Морозова уже в столице: он пирует за царским столом в день крестин новорожденного царевича Дмитрия Алексеевича. Следовательно, обещание сослать его в монастырь на пострижение и не возвращать ко двору не было исполнено, а для соблюдения приличия устроили так, что будто бы сам народ подавал челобитную о его возвращении. Но было, по-видимому, исполнено слово не давать ему никакого начальства. Морозов остался просто близким к царю человеком и не принимал подаваемые на царское имя челобитные; причем своим участием и ходатайствами, как говорят, даже заслужил потом народное расположение.
Вообще московский мятеж 1648 года напоминает такой же народный взрыв, происходивший сотню лет тому назад при юном Иване IV; но, очевидно, превзошел его своей энергией и своими размерами. Он вполне оправдал замечание иноземца-современника (Адама Олеария), что русские, особенно простой народ, живя в угнетении, могут сносить и терпеть многое. «Но если этот гнев переходит меру, тогда возбуждается опасное восстание, которое грозит гибелью, хотя бы не высшему, а ближайшему их начальству. Раз они вышли из терпения и возмутились, нелегко бывает усмирить их; тогда они пренебрегают всеми опасностями и становятся способны на всякое насилие и жестокость».
На сей раз смута не ограничилась одной столицей, а чувствительно отразилась и в некоторых областях. Так, на юго-востоке в городе Козлове (на р. Воронеж) несколько стрельцов, прибывших из Москвы, своими рассказами о столичных грабежах и убийствах легко возмутили местных казаков, стрельцов и черных людей, которые и здесь произвели убийства и грабежи. На северо-востоке произошли мятежи в Двинском краю, именно в городах Сольвычегодске и Устюге. В первом городе мятеж возник по следующему поводу. Приехал сюда из Москвы некто Приклонский для сбора с посадских и уездных пятисот с лишком рублей на жалованье ратным людям, и собирал эти деньги помощью жестокого правежа. Сольвычегодцы сложились и миром поднесли ему 20 рублей, в надежде этим посулом откупиться от дальнейшего правежа. Но вдруг приходят вести о московских событиях и о том, как расправились там с самим Морозовым, главным виновником настоящего сбора. Тогда сольвычегодцы, поджигаемые одним площадным подьячим, потребовали у Приклонского назад свой посул; хотя деньги и были возвращены, однако толпа подняла бунт, грозила своему воеводе, отняла у Приклонского государеву казну и бумаги, избила его и хотела убить; он успел укрыться в соборную церковь. Толпа намеревалась его оттуда взять; но вдова Матрена Строганова не велела своим людям выдавать его, ибо Строгановы были ктиторами сего храма. Ночью Приклонский уплыл в лодке по реке Вычегде. В Великом Устюге, точно так же после известий о московских событиях, посадские и уездные люди потребовали от подьячего Михайлова назад 200 рублей, которые поднесли ему «в почесть»; тот отказался их возвратить. 8 июля, на праздник св. Прокопия Устюжского, в городе собралось много народу из соседних сел. На следующий день толпа, скопившаяся у Земской избы, подняла мятеж, ударила в набат и, под руководством некоего кузнеца Чагина, устремилась на воеводский двор, выломала ворота и разграбила его. Подьячий Михайлов был убит и брошен в реку; сам воевода (Михаил Васильевич Милославский) едва спасся от смерти; разграблены были еще несколько дворов наиболее зажиточных посадских людей. Для усмирения устюжцев из Москвы был прислан князь Иван Ромодановский с отрядом стрельцов. Главные зачинщики мятежа были повешены; однако Чагин успел бежать. Ромодановский и его подьячий Львов своими пытками и розыском вынудили устюжан всем миром собирать деньги им в посул; ненасытность этих следователей заставила подать царю мирскую челобитную. Тогда прибыл другой следователь, который подверг допросу самого Ромодановского и подьячего Львова2
.