По одному не совсем достоверному рассказу, чтобы удалить Рутского из Троицкого монастыря и очистить этот монастырь от униатов, духовенство втайне составило такой план: во время ночной службы с 5 на 6 декабря собраться православным братчикам в возможно большем числе; архимандрит Сенчило в полном облачении соборне, имея с собой Рутского, выйдет для великого славословия на средину церкви; тут он толкнет Рутского в толпу со словами: «Иди вон, еретик», а толпа подхватит его и выпроводит за дверь. Но участники сего заговора будто бы вздумали привлечь на свою сторону Кунцевича и умоляли его оказать им свое содействие. Это обстоятельство погубило их план. Кунцевич предупредил иезуитов и своего друга. Разумеется, против заговорщиков были приняты все меры со стороны светских и духовных (католических) властей города; о чем усердно хлопотал присланный Потеем в Вильну его секретарь Моховский. Означенную ночь с субботы на воскресенье магистрат провел в заседании с готовой стражей под рукой; цехи вооружились и расхаживали по улицам с выстрелами и угрозами против православных (святодуховских) братчиков; подвоевода прислал из замка военный отряд в Троицкий монастырь. Таким образом, в эту ночь здесь не произошло никакого движения.
Тем не менее, вопреки назначению Рутского настоятелем Троицкого монастыря, Сенчило упорствовал и не хотел покинуть его, ссылаясь на королевские привилегии. Вместе с некоторыми священниками и светскими представителями Свято-Духовского братства он явился на Варшавском сейме следующего, 1609 года и представил на его решение свою распрю с Потеем. Напрасно сей последний лично прибыл в Варшаву и повторял свою новую теорию о стародавности унии и отщепенстве православных. Настроенный не в пользу королевско-иезуитской партии, сейм подтвердил те постановления, которые были сделаны два года тому назад. Отпадение священников от унии из Вильны распространилось и на другие города. Положение ее казалось критическим. Но король, возбуждаемый папским нунцием, энергично поспешил ей на помощь. Вопреки сеймовому постановлению, он выдал Потею грамоты, приказавшие отобрать Пречистенский собор и другие виленские церкви у непослушных священников; особыми декретами назначил Рутского архимандритом Троицкого монастыря, а Сенчила объявил баннитом, то есть осудил на изгнание. Православное население Вильны волновалось и готово было силой воспротивиться этим декретам. Православные члены ратуши, державшие сторону Свято-Духовского братства, подали в Трибунальный суд жалобу на незаконные действия Потея и Рутского. Но последние отказались явиться перед ним и требовали суда, смешанного из равного числа светских членов трибунала и духовных лиц католической церкви. Несмотря на отказ светских членов, духовные лица собрались и постановили приговор в пользу Потея и Рутского. Главный трибунал кассировал их решение. Тогда униатская иерархия обратилась к задворному или асессорскому суду, то есть к суду самого короля, который в это время прибыл в Вильну, отправляясь в свой знаменитый поход под Смоленск.
Королевский или задворный суд составился из нескольких сенаторов под председательством литовского канцлера Льва Сапеги. Этот суд отменил приговор Трибунального суда. Затем привлекли к суду за подстрекательство народа к неповиновению и за оскорбление величества двух членов ратуши и вместе Свято-Духовского братства, Ивана Тупеку и Исаака Кононовича, и приговорили их к смертной казни. Король смягчил наказание и только навсегда отрешил их от общественных должностей. Ипатий Потей также прибыл в Вильну. Королевский дворянин с вооруженным отрядом отправился к Пречистенскому собору, отбил замки и ввел в него Потея, которому передал и церковную казну, и митрополичий дом. Потом таким же способом постепенно были отобраны у православных и другие виленские церкви, числом до пятнадцати, и переданы униатскому митрополиту со всеми их скарбами; между прочим, передали ему икону Богоматери (Остробрамской), почитаемую за чудотворную. Эта святыня хранилась в Перенесенском храме Св. Николая, и со стороны униатов было опасение, чтобы протоиерей Жашковский при своем бегстве из Вильны не похитил иконы вместе с другими там же сохранявшимися драгоценностями. Убедясь в их целости и поклонившись образу Богородицы, Ипатий Потей из этого храма отправился в дом католического епископа, где остановился папский нунций, Франческо Симонетта, — чтобы принести ему свою благодарность за усердное содействие делу унии.