В 1613 году умер Ипатий Потей во Владимире-Волынском. Никто из униатских иерархов не превзошел его своей энергией и не сделал столько для успехов унии. Преемником себе на митрополию он сам назначил Велямина Рутского. Король особой грамотой подтвердил это назначение. А потом папа прислал утверждение чрез своего нунция в Польше. Но, получив митрополию с ее имуществом, Рутский не наследовал богатое епископство Владимирское, которое, по желанию того же Потея, король передал Мороховскому. В первую эпоху своей деятельности в качестве униатского митрополита Рутский особенное внимание обратил на устройство монастырей. Он постарался объединить все униатское монашество, сообщив ему один общий устав св. Василия и сделав из него особый Базильянский орден, по образцу ордена Иезуитского. Он освободил монашество от власти епархиальных архиереев и подчинил его выборному из его же среды протоархимандриту с советом из четырех лиц; сами униатские архиереи впредь должны быть выбираемы из членов этого Базильянского ордена. Одежду свою униатские монахи устроили по образцу католических; вместо клобука или каптура они стали ходить с открытой головой, закинув назад капу.
Наименее успеха в эту эпоху имела уния в южной половине Западной Руси, и особенно в Киевщине. Пока был жив киевский воевода знаменитый князь Константин — Василий Острожский, он энергично противился введению унии в своем воеводстве. Но в 1608 году скончался этот подвижник православия с лишком восьмидесятилетним старцем; а после него киевским воеводою был назначен известный гетман Станислав Жолкевский. Теперь Ипатий Потей успел фактически завладеть кафедральным Софийским собором (находившимся, впрочем, уже в состоянии запустения и разрушения) и назначил в Киев своим наместником протопопа Антония Грековича, бывшего иеродиаконом виленского Свято-Духовского братства, но изменившего православию; его же Потей сделал игуменом Выдубецкого монастыря, чтобы тот мог пользоваться для своего содержания имениями сего монастыря. Но киевские священники не признали его своим протопопом, а запорожские казаки грозили его убить. (Эту угрозу они исполнили десять лет спустя, утопив его в Днепре.) Монастыри Михайловский, Межигорский и Кирилловский также отказались подчиниться власти униатского митрополита. Тщетно Потей жаловался королю и вносил свои протестации в судебные книги. Вообще в Киеве уния вызвала довольно дружный отпор и возбудила живое движение среди православных. Главным исходным пунктом для этого движения служила Киево-Печерская обитель; а наглядным образом оно выразилось особенно в основании Киево-Богоявленского братства и тесно связанной с ним школы, из которой впоследствии возникла знаменитая Киевская академия.
После Никифора Тура, отстоявшего Киево-Печерскую лавру и ее имения от захвата латино-униатских властей, архимандритом этой лавры является известный западнорусский писатель и ученый муж Елисей Плетенецкий (1599–1624), происходивший из шляхетской фамилии; с него, собственно, и начинается просветительное значение лавры. Продолжая энергично бороться с латино-униатскими властями, он в то же время прилагал особые старания для внутреннего ее благоустройства и обратил ее богатые имущества на создание при ней тех просветительных учреждений, которыми упредили ее Вильна, Львов и Острог. Он возобновил в своей обители пришедшие в забвение строгие правила иноческого жития и общежительный устав по чину св. Василия; завел типографию и бумажную фабрику и начал деятельное печатание книг служебных, канонических и полемических. Для этого дела он умел из разных мест привлечь в лавру иноков ученых и опытных. Между таковыми особенно известны: искусный в богословской науке Захария Копыстенский, подвизавшийся прежде во Львове; превосходный филолог, автор лексикона славянорусского Памва Берында, его родственник Стефан Берында; далее, знаток греческого языка Лаврентий Зизаний Тустановский, искусный проповедник Тарасий Левкович Земка, Иов Борецкий, впоследствии киевский митрополит. Те же лица занимались преподаванием в лаврской школе, которая, по некоторым данным, также возникла при Елисее Плетенецком. Вообще своими трудами он положил начало новому и славному периоду в истории не только Киево-Печерской лавры, но и всего Киевского края.
Вызванное борьбой с унией религиозно-умственное движение затронуло также киевское шляхетство и мещанство и повело к основанию Киевского братства, которое возникло здесь около 1615 г., первоначально, кажется, при церкви Успения Пресв. Богородицы, находившейся на Подоле. Оно устроилось по образцу братств Львовского, Виленского и Могилевского и усвоило себе устав или чин именно Виленского. С этим братством вскоре связались судьбы знаменитой Богоявленской школы.