По его просьбе король издал универсалы, в которых объявил Феофана самозванцем, шпионом турецкого султана и посвящения его недействительными, а поставленных им епископов своими ослушниками и бунтовщиками, находящимися вне закона, которых приказывал ловить и бросать в тюрьмы. Поэтому новопосвященные не спешили к своей пастве и на первое время должны были скрываться. Но польское правительство пока ограничивалось угрозами и не прибегало к действительным мерам, потому что внешние опасности не только не миновали, а еще усилились. В том же октябре 1620 года поляки потерпели от турок ужасное поражение под Цецорой, где пал сам знаменитый гетман Жолкевский; Речь Посполитая более чем когда-либо нуждалась в помощи Сагайдачного и запорожских казаков. Эти политические обстоятельства заставили польское правительство действовать умеренно и осторожно по отношению к новопоставленной православной иерархии и не приводить в исполнение означенных королевских универсалов. Таким образом, борьба с ней пока ограничивалась литературной полемикой. На обвинение патриарха Феофана в самозванстве и вытекающей отсюда недействительности его рукоположения ответил целым сочинением Мелетий Смотрицкий, который около того времени Виленским братством был выбран в архимандриты Свято-Духовского монастыря, после кончины любимого и уважаемого архимандрита Леонтия Карповича. Сочинение Мелетия было издано тем же братством под заглавием «Оправдание невинности» (Werificatia niewinnosci): тут опровергались все клеветы, взводимые на патриарха и посвященных им епископов. В ответ на это опровержение троицкие, то есть униатские, монахи под руководством самого В. Рутского издали сочинение, названное «Двойная вина» (Sowita wina), в котором опять доказывали законность унии и незаконность новой православной иерархии. А на него Смотрицкий написал «Оборону оправдания» (Obrona Werificacii). И после того обе стороны продолжали обмениваться полемическими изданиями. К той же эпохе относится знаменитая Палинодия, сочинение Захария Копыстенского. Виленский униатский архимандрит Лев Кревза написал «Оборону унии» (изданную в 1617 г.); Палинодия Копыстенского явилась ответом не только на эту книгу (в 1621, 1622 гг.), но и на разные другие полемические сочинения противников православия.
Во время сей жаркой полемики митрополит Иов Борецкий и Мелетий Смотрицкий получили даже охранные королевские грамоты, благодаря которым решились прибыть на Варшавский сейм в начале 1623 года, чтобы лично хлопотать об утверждении православных иерархов. Хотя они и не добились формального утверждения, но все же в борьбе между унией и православием наступило было некоторое затишье или перемирие. Благодаря деятельности Киевского братства и Печерской лавры, а в особенности удачному выбору Иова Борецкого на пост митрополита, Киев снова получил первенствующее церковное значение в Западной Руси; сюда переходит из Львова и Вильны центр религиозного и просветительного движения, охватившего ее православное население.
Окончательно этому переходу способствовала трагическая судьба Иосафата Кунцевича, вновь обострившая борьбу унии с православием и вызвавшая усиленные гонения на последнее.
Архимандрит виленского Троицкого монастыря и ревностный сотрудник Велямина Рутского, «душехват» Кунцевич в 1618 году, по смерти униатского полоцкого архиепископа (Гедеона Брольницкого), был назначен его преемником. На этом посту он дал полную волю своему фанатическому усердию к распространению унии. Такое усердие вызвало многие протесты и даже мятежи со стороны населения. Например, города Могилев и Орша, при приближении Кунцевича, зазвонили в вечевой колокол, вооружились и заперли перед ним ворота. По его жалобе светская власть грозила наказать граждан как мятежников, приговорила зачинщиков к смертной казни и отменила ее только под условием принятия унии и передачи ей всех могилевских церквей.
Посвященный на полоцкую кафедру, архимандрит виленского Свято-Духовского монастыря Мелетий Смотрицкий не мог равнодушно видеть успехи унии в своей епархии и начал рассылать к ее жителям красноречивые увещания, чтобы они твердо держались веры своих отцов. Его увещания производили впечатление и не только препятствовали успехам унии, но и многих уже совращенных вернули в лоно православия. Тогда Кунцевич усилил свое рвение и стал часто прибегать к насилиям. Он вооруженной рукой отнимал у православных монастыри и церкви, совершал в них униатское богослужение или просто их запирал и запечатывал. Не оставлял в покое даже и мертвых. Например, православный полоцкий мещанин не хотел призывать униатского попа и похоронил своего сына на церковном кладбище без всяких обрядов; Кунцевич велел его вырыть и похоронить с обрядами. Но мещанин и его приятели воспротивились тому силой, прогнали униатского попа с его причтом, а тело опять закопали. Были и такие случаи, что Кунцевич приказывал вырывать тела православных из могилы и отдавать их на съедение собакам.