В Глухове 6 ноября 1708 г. на войсковой раде при участии четырех полковников, полковой старшины и 1100 казаков от четырех полков гетманом по указанию царя был избран стародубский полковник Иван Скоропадский. Глухов, находящийся на границе с Россией, был объявлен новой гетманской резиденцией. Тогда же была устроена символическая казнь И. Мазепы: чучело гетмана повесили, сорвав с него царские награды, а потом таскали по улицам города. В ближайшем г. Лебедин были казнены сотни захваченных в Батурине, а в Троицком соборе в присутствии царя была провозглашена церковная анафема гетману (не снятая до сих пор). И. Мазепу не поддержали и казацкие массы: кроме того что сказывалось их недовольство положением, ухудшившимся при гетмане, они были также испуганы жесткой расправой в Батурине и других местах. Уже в ноябре 1708 г. от И. Мазепы бежало к царю с повинной немало представителей старшины: генеральный хорунжий И. Сулима, миргородский полковник Д. Апостол, корсуньский полковник А. Кондыба и др. Сам И. Мазепа вел переписку о возможностях перехода обратно на сторону царя, но был заключен шведами под домашний арест. Из сибирской ссылки был возвращен С. Палий, что способствовало росту популярности Петрв I в Украине.
В январе — феврале 1709 г. Карл XII осуществил поход на Белгород, однако столкнулся с повсеместным партизанским движением. Полноводная оттепель и переход на его сторону Запорожья склонили шведского короля вернуться к Полтаве. У с. Диканька 27 марта 1709 г. кошевой К. Гордеенко с 8 тыс. сечевиков соединился с армией Карла XII и подписал союзный договор со Швецией. Затянув с осадой Полтавы, шведский король дал возможность Петру I навязать генеральное сражение на неудобных для шведов позициях. Сражение состоялось 27 июня 1709 г., 25-тысячная шведская армия была разгромлена 43-тысячной российской. Остатки шведского воинства, Карл XII со своими гвардейцами и И. Мазепа с приближенными смогли переправились через Днепр.
Гетман Филипп Орлик. Украинская эмиграция в Бендерах
После бегства из-под Полтавы Карл XII, И. Мазепа, уцелевшая часть генеральной старшины (обозный И. Ломиковский, писарь Ф. Орлик, бунчужный Ф. Мирович, прилукский полковник Д. Горленко, кошевой К. Гордиенко и др.) и казаки, в основном запорожцы, разместились в Бендерах на территории Турции. Вскоре, 2 октября 1709 г., И. Мазепа умер. Развернулась борьба вокруг избрания нового гетмана и раздела наследства умершего. И. Мазепа завещал гетманское (княжеское) звание и имущество своему племяннику — генеральному есаулу Андрею Войнаровскому. Тот отказался от бунчука, но при поддержке Карла XII получил оставленное дядей-гетманом имущество. В апреле 1710 г. гетманом был объявлен генеральный писарь Филипп Орлик, который титуловался гетманом до смерти в 1742 г., хотя реальной властью с 1714 г. не обладал.
В 1711 г. гетман в изгнании пытался взять Белую Церковь и захватить, опираясь на татар, власть в Украине, но встретил отпор военных сил России и И. Скоропадского и не получил ожидаемой поддержки у населения. После неудачного для Петра I Прутского похода Ф. Орлик воспользовался договором царя с султаном, согласно которому Украина (вся или только Правобережная, что не было ясно из текста соглашения) и Запорожье переходили под протекцию османов. Деятельность Ф. Орлика в 1712— 1714 гг. сосредоточилась на распространении власти на Правобережье и Сечь. Им был организован ряд рейдов казаков и союзных им татар, которые из-за сопротивления местного населения и российских войск не увенчались успехом. Кроме того, неудачными оказались переговоры, которые вел в Стамбуле генеральный писарь И. Максимович в целях создания под протекцией султана гетманской державы во главе с Ф. Орликом по обоим берегам Днепра. О своих правах на власть в Украине гетман заявил в документе «Вывод прав Украины», с которым он в 1712 г. обратился к европейским государствам. В нем он апеллировал к праву украинского народа на самоопределение, декларированное еще в Бендерской конституции 1711 г. Эта конституция провозглашала политическим и правоспособным субъектом весь «казацкий народ», а также утверждала некий прообраз разделения властей (судебной, законодательной и исполнительной). Конституция осталась нереализованной.
Активность эмигрантского центра в Бендерах вызвала острую ответную реакцию России. Так, царь специальным манифестом заклеймил Ф. Орлика как «богоотступника и предателя». В 1711, 1712, 1713 гг. Порта объявляла войну России, но после Прутского похода Петра I обе стороны уклонялись от развязывания боевых действий. В июне 1713 г. Россия заключила с Турцией Адрианопольский мир и вывела гарнизоны с Правобережья, но Польша тотчас разместила там свои и категорически отказалась уступать территорию Ф. Орлику. После этого в среде бендерского казацкого войска (3—5 тыс. чел.) начался раскол: от гетмана ушли И. Максимович, Д. Горленко, К. Гордиенко и запорожцы, многие старшины и казаки. Часть из них воспользовалась амнистией, объявленной Петром I.