Из Новгорода Иоанн направил путь ко Пскову; псковичи боялись участи новгородцев; по распоряжению воеводы, князя Токмакова, они встретили Иоанна каждый перед своим домом с женами и детьми, держа в руках хлеб и соль; завидев царя, все падали на колена. Иоанн недолго прожил во Пскове, велел грабить имение у граждан, кроме церковного причта взял также казну монастырскую и церковную, иконы, кресты, пелены, сосуды, книги, колокола. Но дело не кончилось Новгородом и Псковом: по возвращении царя в Москву началось следствие о сношениях новгородского архиепископа Пимена и новгородских приказных людей с боярами – Алексеем Басмановым и сыном его Федором, с казначеем Фуниковым, печатником Висковатовым, Семеном Яковлевым, с дьяком Васильем Степановым, с Андреем Васильевым, с князем Афанасием Вяземским; сношения происходили о том, чтоб сдать Новгород и Псков литовскому королю, царя Иоанна извести, на государство посадить князя Владимира Андреевича. Это сыскное изменное дело до нас не дошло, а потому историк не имеет права произнести свое суждение о событии. Известны следствия: казнены были князь Петр Оболенский-Серебряный, Висковатый, Фуников, Очин-Плещеев, Иван Воронцов, сын известного нам Федора, и многие другие, 180 человек прощено; всего удивительнее встретить между осужденными имена главных любимцев Иоанновых – Басмановых и Вяземского; Вяземский умер от пыток, Алексей Басманов, как говорят, был убит сыном Федором по приказанию Иоанна. Владыка Пимен Новгородский сослан был в Венев.