18 июля уполномоченные от епископа, дворянства, капитула, от городового совета и общины отправились с этими условиями к князю Петру Ивановичу Шуйскому, который должен был скрепить их. Шуйский скрепил их в надежде, что они будут утверждены и государем. Уполномоченные просили воеводу, чтоб русское войско не вторгалось в домы граждан, не пугало их жен и детей. Это было обещано, и обещание строго исполнено. Епископ, ратные люди и те горожане, которые хотели выехать с семействами из города, выехали под прикрытием русских отрядов. По вступлении своем в город Шуйский повестил, чтоб ратные люди не смели обижать жителей под страхом жестокого наказания, а жители чтоб не смели продавать ратным людям крепких напитков. По свидетельству современника и очевидца, немца, порядок был сохранен, нарушители его действительно подверглись строгим наказаниям; боярские дети ежедневно объезжали город, забирали всех пьяных и дурно ведших себя людей; жители не терпели никакого насилия и утешали себя этим в несчастии. 6 сентября царь дал жителям Дерпта жалованную грамоту, в которой некоторые из условий были дополнены, некоторые изменены: например, в городском суде должен был заседать и русский чиновник для охранения русских людей; апелляции к рижскому городовому суду не были позволены; вместо них поставлена была апелляция к дерптскому воеводе; дела же, которых и воевода решить не мог, отсылались к царю; на монете должен быть с одной стороны герб царский, на другой – городовой; на городовой печати должен быть царский герб. В случае нужды ратные люди могут стоять в домах черных людей. Дерптские жители могут торговать беспошлинно в Новгороде, Пскове, Ивангороде и Нарве, но если поедут с торгом в Казань, Астрахань или другие области московские, то должны платить пошлины наравне с русскими купцами. Если кто из дерптских жителей дойдет по своей вине смертной казни, то имущество его идет в казну, которая платит его долги. Дерптские жители могут свободно покупать дома и сады и жить в них в Новгороде, Пскове, Ивангороде, Нарве и во всех других русских областях, равно как новгородцы, псковичи, ивангородцы, нарвцы и всякие русские люди могут покупать дома и сады в Дерпте во всех местах.
Такие льготы, данные покорившемуся городу, показывали ясно намерение царя завоевать Ливонию и удержать навсегда за собою это завоевание. Детям боярским розданы были земли в покоренных областях; князь Шуйский послал в Ревель с требованием, чтоб он последовал примеру Дерпта, в таком случае государь даст ему большие привилегии, чем те, которыми он пользовался прежде. Ревель не покорился, но покорилось несколько других городов, число которых с прежде завоеванными дошло к осени уже до 20. Совершивши такой блистательный поход, воеводы, по тогдашнему обычаю, отправились в Москву в сентябре, оставив гарнизоны в завоеванных городах. Этим удалением воспользовался магистр Кетлер: собравши более 10000 войска, он осадил Ринген и взял его приступом. Воеводы, остававшиеся в Ливонии, не могли потому выдержать натиска немцев и при встрече с магистром обратились в бегство; немцы пробрались и в собственно русские владения, сожгли посад у псковского пригорода Красного, были и под Себежом, сожгли монастырь святого Николая. Взятием Рингена, впрочем, магистр должен был удовольствоваться: с таким небольшим войском, какое было у него, он не мог предпринять осады более значительных городов и ушел назад в конце октября. Во время осады Рингена все мужчины были выведены из Дерпта во Псков и оставались там до тех пор, пока магистр ушел назад в Ригу, тогда их возвратили к семействам; эта мера объясняется известием русских летописей, что дерптские немцы ссылались с магистром, звали его к своему городу, где по их словам, у русских было мало войска.
Кетлер накликал месть своим походом; в генваре 1559 года вступило в Ливонию большое московское войско (130000 – по немецким известиям), разбило немцев при Тирзене и без сопротивления уже целый месяц пустошило всю землю, не щадя младенцев во чреве матерей.