Решению этой задачи служило создание рабочих факультетов: на рабфаках в сжатые сроки выходцы из рабочих и крестьян должны были ликвидировать пробелы в школьном образовании и подготовиться для дальнейшей учебы в вузах. Первый рабфак был создан в феврале 1919 г. в Московском коммерческом институте (ныне Российская экономическая академия им. Г. В. Плеханова), затем их организовали при большинстве вузов. И хотя классовый принцип при наборе студентов проводился последовательно, задачу «пролетаризации» высшей школы решить так и не удалось: большую часть студенчества составляли выходцы из непролетарских групп.
Осенью 1918 г. была предпринята попытка подорвать позиции старой профессуры. С 1 октября 1918 г. отменялись все научные степени и звания, а преподаватели оказались выбывшими из числа сотрудников вузов и могли быть избранными лишь по всероссийскому публичному конкурсу. Это, однако, не привело к ожидаемым властью результатам: заменить вузовских «спецов» власти было некем, и большая часть преподавателей осталась на своих местах. В 1919 г. были ликвидированы гуманитарные факультеты университетов, которые заменили факультетами общественных наук и комплектовали более лояльными кадрами.
Новое наступление на высшую школу началось с конца 1920 г. Во главе Московского университета был поставлен Временный президиум, состав которого частично назначался Наркомпросом, частично избирался. Председателем президиума стал назначенный Наркомпросом профессор-коммунист Д. П. Благолепов. Право замещения профессорских должностей перешло к Государственному ученому совету (ГУС) Наркомпроса. 3 декабря 1920 г. был опубликован Декрет СНК «О реорганизации преподавания общественных наук в высших учебных заведениях». Преподавателям предписывалось в сжатые сроки пересмотреть сквозь призму марксизма содержание курсов обучать студентов на основе перестроенных по-новому программ.
Несмотря на изменение качества образования, общее число вузов за годы Гражданской войны возросло: в 1914 г. в России было 105 вузов, а в конце 1920 г. — 255, в которых обучались 216 тыс. студентов. Перестройка высшей школы продолжалась в 1920–1930 гг.
В сложных условиях войны и связанных с ней лишений происходило развитие отечественной науки. Большевики изначально ставили задачу привлечения ученых для развития производительных сил страны. Нехватка кадров и материальных ресурсов привели к тому, что в организацию научной деятельности стало активно внедряться плановое начало. Вопросы управления наукой были в центре внимания двух государственных учреждений: ВСНХ и Наркомпроса. В августе 1917 г. при ВСНХ был создан Научно-технический отдел (НТО), в задачу которого входило привлечение к социалистическому строительству сотрудников различных лабораторий, научных и технических обществ, опытных станций. В его составе было создано Бюро иностранной техники, призванное отслеживать зарубежные научно-технические нововведения с целью их своевременного внедрения в нашей стране.
Если ВСНХ чаще ориентировался на прикладные аспекты научной деятельности, то Наркомпрос курировал более широкий круг вопросов организации науки. В феврале 1921 г. в его составе был образован Академический центр, куда входил Государственный ученый совет (ГУС) с тремя подсекциями: научно-политической, научно-технической и научно-педагогической. В рамках этих направлений Наркомпрос осуществлял руководство как научными центрами, так и высшей школой.
Весной 1918 г. установились рабочие контакты правительства с Академией наук (президент — А. П. Карпинский). Особенно активно действовала академическая комиссия по изучению естественных производительных сил России (КЕПС), в работе которой принимали участие известные ученые: В. И. Вернадский, А. Н Крылов, Н. С. Курнаков, П. П. Лазарев, А. Е. Ферсман и др. В составе комиссии действовали 20 специализированных отделов. Всего же за 1918–1920 гг. было создано около 50 научно-исследовательских институтов, в числе которых такие известные, как Центральный аэрогидродинамический институт (ЦАГИ), Государственный физикотехнический институт, Институт изучения мозга и психической деятельности, Рентгенологический и радиологический институт, Институт по изучению Севера. Символичным для нового характера отношений между наукой и властью стало участие 200 видных специалистов в работе Государственной комиссии по электрификации России, которая разработала план ГОЭЛРО. Этот комплексный перспективный план (рассчитанный на 10–15 лет) предусматривал ускоренное развитие энергетики, тяжелой промышленности, рациональное размещение производительных сил.