Тем временем захватившие власть большевики начали планомерное наступление на Церковь. По Декрету от 4 декабря 1917 г. все земли, включая церковные и монастырские, отбирались государством. Постановлением Наркомпроса от 11 декабря в его ведение перешли церковно-приходские школы, семинарии, духовные академии. 18 декабря был введен гражданский брак, а церковный аннулировался; регистрация рождения также была изъята у церкви. И наконец, 31 декабря 1917 г. был опубликован проект декрета «О свободе совести», который вызвал особенно широкий резонанс. Помимо общедемократических установлений, отделявших церковные дела от государственных, в нем сообщалось, что отныне «церковные общества не имеют права владеть собственностью и не имеют прав юридического лица»; «все имущество церковных и религиозных обществ… поступает в собственность государства» и что «имуществом приходов будут ведать волостные, земские и городские самоуправления». Таким образом, по проекту декрета Церковь становилась не только нищей, но и бесправной.
В глазах многих легитимность проекта декрета была сомнительной. Вопрос о месте Церкви в новой политической системе должно было решить Учредительное собрание, до созыва которого и Советское правительство имело статус «временного». Вызывало недоумение, что это далеко не всеми признаваемое правительство взялось решить судьбу института, много веков игравшего важную роль в истории страны. Возмущение этим выразили как церковные иерархи, так и рядовые верующие. Патриарх Тихон направил правительству послание, в котором предал большевистскую власть анафеме; принятые в отношении Церкви акты он назвал проявлением «самого разнузданного своеволия и сплошного насилия на святой Церковью». Тихон призвал пастырей Церкви «устраивать духовные союзы» и организовать «ряды духовных борцов» на защиту «попираемых прав Церкви». Проект декрета был осужден Поместным собором. В Петрограде и Москве прошли крестные ходы в защиту Церкви, в которых приняли участие сотни тысяч верующих.
Советская власть ответила быстро и жестко. 20 января 1918 г. Ленин изучил представленный Наркомюстом итоговый проект декрета, внеся в него более резкие формулировки. В тот же день Декрет «О свободе совести, церковных и религиозных обществах» был утвержден Совнаркомом. В официальном правительственном издании Декрет появился 23 января 1918 г. под другим заголовком: «Об отделении церкви от государства и школы от церкви». Именно эта дата и название утвердились в литературе.
Публикация декрета не сопровождалась подготовкой разъяснений и инструкций по его применению, что привело к многочисленным эксцессам. Жертвами безбожных чиновников и разнузданных грабителей становились те, кто пытался препятствовать захвату церковного имущества и ценностей. Насилие порождало насилие: весной 1918 г. произошло более 1400 кровавых столкновений, в ходе которых убито 138 представителей партии и советской власти. С целью упорядочения работы по реализации декрета в мае 1918 г. при Наркомюсте для решения церковных дел был создан специальный отдел, который получил характерное название «ликвидационный». По февральскому (1919) постановлению наркомата осуществлялось публичное вскрытие святых мощей, что использовалось для атеистической пропаганды.
Все это привело к тому, что конфликт между большевиками и верующими стал одним из факторов эскалации Гражданской войны. Духовенство приняло активное участие в организации сопротивления большевизму. В белогвардейских армиях действовали кадры военного духовенства. В армии Деникина было около 1000 священников, У Врангеля — более 500, у Колчака — несколько тысяч. В Сибири под общим руководством омского епископа Сильвестра (Ольшанский) образовались «полки Иисуса», «полки Богородицы», возглавлявшиеся священниками. Подобные части действовали и на юге.
В свою очередь росла ненависть большевиков к церковникам: закрывались монастыри и храмы, реквизировалось церковное имущество, массовый характер носили убийства священников. Антицерковные погромы достигли своего апогея в 1922 г.
В то же время уже в годы Гражданской войны в среде духовенства возникло течение в пользу сотрудничества с новой властью. В сентябре 1920 г. в Москве был учрежден «Комитет по делам духовенства всея России», одной из целей которого стало «умственное и моральное развитие (духовенства) в соответствии с запросами времени и для приспособления его к новому строю». Протест церковников против политики Тихона проявился и в так называемом обновленческом движении (возглавлялось протоиереем А. И. Введенским), участники которого требовали прекращения «Гражданской войны Церкви против государства».
Революция и Гражданская война явились результатом обострения российских противоречий начала XX в., которые были усугублены войной. Неспособность правящей элиты адекватно отреагировать на вызовы времени стала главной причиной революционного взрыва.