Крестьянские земли при выделе сводились в хутор (усадебная земля, пашни и угодья объединены в одном месте) или отруб (усадьба находится в отдалении от других земель). П. А. Столыпин и другие разработчики реформ были поклонниками хуторских хозяйств, характерных для западных, прибалтийских губерний, Новороссии. Они хотели также преодолеть чересполосицу, проводя землеустройство. При этом совершенно не учитывались природно-климатические особенности различных зон, низкая плодородность почв в историческом центре России, значительные перепады ее характеристик даже на небольшом пространстве, которые и нивелировались чересполосицей. Устроители не тратили особых усилий, а тем более средств на помощь выделившимся крестьянским хозяйствам. Земельные размеры создаваемых хуторов и отрубов были в десятки раз меньше тех хозяйств, с которыми реформаторы знакомили крестьян из русских деревень, организуя с этой целью специальные поездки. Насмотревшись в ходе таких «экскурсий» на добротные хутора латышских «серых баронов» со всеми необходимыми угодьями и обилием воды, на 60-десятинные участки херсонских немцев-колонистов с каменными постройками, на 100-десятинные хутора самарских меннонитов с собственными артезианскими колодцами, крестьяне возвращались на свой 5-десятинный хутор, не имевший воды, дороги, без луга и выгона, и становились противниками хуторского хозяйства. Теоретически прогрессивное дело разбивалось о нереальную для осуществления реформы ситуацию. Землеустроительные работы, предусмотренные реформой, шли медленно из-за нехватки специалистов, ассигнований и сопротивления крестьянства, вызванного волокитой и мздоимством чиновников, необходимостью оплачивать адвокатов при земельных спорах. В итоге проводившееся землеустройство увеличивало накапливавшуюся в крестьянской среде ненависть к существующим порядкам, неистребимое желание захвата помещичьей земли.
Существенная роль в проведении реформы отводилась Крестьянскому поземельному банку с его правом покупать имения (дано в 1895 г.) и выпускать ценные бумаги на всю сумму сделок (добавлено в 1905 г.). В процессе реформы ситуация на рынке грозила обесценением помещичьей собственности, поэтому Крестьянский банк развернул массовую скупку помещичьих имений. За 1906–1907 гг. он приобрел в 3 раза больше имений, чем за 11 предыдущих лет. При этом банк поднял цены почти на 1/3, что привело к их дальнейшему росту. Всего за 1906–1916 гг. Крестьянский поземельный банк выплатил помещикам за 4,6 млн десятин около 500 млн руб. Взвинчивание банком земельных цен, сопровождавшееся наложением на заемщиков, т. е. крестьян, больших платежей, неминуемо приводило большинство хуторян и отрубников к разорению. В 1906–1915 гг. за неуплату взносов по старым и новым ссудам у заемщиков было отобрано до 570 тыс. десятин земли. Недоимки клиентов Крестьянского поземельного банка постоянно росли, а число новых сокращалось, так как падало доверие крестьян к банку. Надежды устроителей реформы на этот банк как важный рычаг создания в деревне новой социальной опоры монархии рухнули.