Подобные опасения сдерживали разработку фабрично-заводского законодательства. Даже уже подготовленные проекты (об упорядочении продолжительности рабочего дня, об условиях найма) правительство не торопилось представлять в Думу. Аетом 1908 г. в нее поступили законопроекты о страховании рабочих от несчастных случаев и по болезни, разрабатывавшиеся с января 1905 г. После долгих обсуждений в думских комиссиях в апреле 1911 г. они были вынесены на общее заседание Думы, где подверглись резкой критике. Кадет Н. Н. Щепкин предупреждал консервативно-реакционное большинство о необходимости «пойти на некоторые жертвы», чтобы трудящиеся не пошли «на катаклизмы». Трудовики предлагали осуществлять страхование рабочих государством за счет прогрессивного налога с капиталистов. Свою развернутую программу по государственному страхованию рабочих представили социал-демократы. Наиболее значительные поправки кадетов, тем более трудовиков и социал-демократов, были отвергнуты. Однако Думе пришлось восстановить в правительственной редакции статью, возлагавшую расходы за лечение рабочих на предпринимателей. Законопроекты о страховании только в январе 1912 г. были приняты Думой, а высочайшее их утверждение последовало в июне. Создаваемые страховые товарищества объединяли владельцев определенного района и передавали в их руки мощную организацию со своим штатом служащих, специалистов страхового дела и врачей, которой в одиночку противостоял рабочий.
Обязательное страхование рабочих предусматривало их объединение в больничные кассы, которые осуществляли выдачу пособий заболевшим. Каждая касса объединяла не менее 200 рабочих. Средства больничной кассы, формировавшиеся в основном из денег рабочих (обязательный взнос в размере 1–2 % заработка, штрафной капитал) и отчислений владельца предприятия (2/3 суммы взносов рабочих), находились в руках владельца предприятия, чтобы не допустить их использования как стачечного фонда.
Свидетельством неустойчивости третьеиюньской политической системы являлось развитие конфликтных ситуаций по весьма незначительным поводам. Законопроекты, малозначимые по существу и с точки зрения жизнедеятельности всей страны и ее населения, могли не только вызвать жаркие дебаты в Думе и Государственном совете, но приводили к правительственным или парламентским кризисам. Впервые это случилось весной 1909 г. После одобрения в мае 1908 г. Думой законопроекта об ассигнованиях на расширение штатов Морского министерства он был отвергнут верхней палатой как нарушавший прерогативы монарха. Дума в декабре вторично приняла законопроект, после чего под нажимом Столыпина он был поддержан в марте 1909 г. и Государственным советом. Однако последовавший рескрипт царя с отказом в утверждении закона свел на нет усилия правительства и выявил отсутствие с его стороны должной поддержки Столыпина.
Проекты реформ местного управления предусматривали включение в волость, помимо общинных, и помещичьих земель. Создаваемая мелкая земская единица становилась основой местного управления, а избрание уездных и губернских земств предлагалось на принципах бессословности и имущественного ценза, что увеличило бы в них долю зажиточного крестьянства. Проекты, вызвав неодобрение дворянпомещиков, привели к формированию в Государственном совете открытой антистолыпинской оппозиция во главе с П. Н. Дурново, не позволившей их реализовать. Эта ситуация повторилась и при разработке законодательства о национальных окраинах. Проблема их усмирения и сохранения единства империи под эгидой самодержавия инициировалась черносотенцами, выдвинувшими лозунг «Россия для русских». Одной из первых целей воинствующего национализма стала Финляндия. Столыпин поддержал позицию правооктябристского большинства, потребовав покончить с финляндским сепаратизмом и конституцией. В соответствии с законом об общеимперском законодательстве (1910) из ведения финляндского сейма изымались вопросы о налогах, воинской повинности, суде, охране государственного порядка, уголовном законодательстве и др. В итоге были приняты акты об уравнении прав русских граждан в Финляндии и о сумме, выплачиваемой финляндской казной взамен отбывания ее гражданами воинской повинности, но они, по существу, остались на бумаге.