Фактическим главой правительства при Федоре Ивановиче стал
Укрепление дисциплины дворянского войска позволило Борису Годунову достичь почти невозможного. В результате победы в русско-шведской войне в 1587 г. ему сначала удалось добиться пятнадцатилетнего перемирия со Швецией, а затем в 1595 г. в состав России были возвращены исконно русские города Ям, Иван-город, Копорье, Корела.
Крупной победой международного масштаба было утверждение в 1589 г.
В деятельности Бориса Годунова заметны постоянные колебания, и в этом опять-таки проявлялись традиции середины XVI столетия. И как реального правителя его трудно обвинить не только в ошибках, но даже в обычных злоупотреблениях. Он активно сотрудничал с рядом стран, с целью обмена специалистами и просто в целях активных культурных связей. Он повторял то, что делал А.Ф. Адашев в Поволжье и Прибалтике. И это было традиционной политикой русских властей ряда столетий по отношению к «инородцам».
Укреплялись и южные города. В 70 — 80-е гг. XVI в. большие массы населения, как отмечалось выше, бежали от притеснений как чужих завоевателей, так и своих «защитников» на южные границы России. Годунов пытался урегулировать южнорусскую политику государства. Но именно в XVI в. в этом регионе сложится бунтарский эшелон, который сыграет заметную роль уже в Смутное время, хотя активность этого эшелона будет проявляться веками, принимая разную социальную направленность.
В 1598 г. умер Федор Иванович, и с его кончиной прекратился род Ивана Калиты, ибо Федор так и не оставил наследника. Дмитрий, сын Марии Нагой, последней — седьмой — жены Ивана Грозного, страдал падучей болезнью и в девятилетнем возрасте, в 1591г., играя с другими детьми «в ножички», упал на собственный нож. Конечно, его смерть могли и даже должны были позднее эксплуатировать противники Бориса Годунова, что и было сделано сначала Нагими, родственниками матери Дмитрия, а в начале XVII в. Василием Шуйским, занявшим царский престол. Но материалы следствия по делу о смерти царевича подтверждают факт
По смерти же Федора Ивановича предстояло решать и вопрос, каким путем обрести нового царя. Сам Федор отказался давать какое-либо завещание по этому поводу, оставляя решение на усмотрение бояр и собора. Поэтому собор 1598 г. имел принципиальное значение. Именно он должен был подтвердить связь идей эпохи «Избранной рады» с делами окружения Федора Ивановича.
Годунов месяц провел в добровольном самозаточении, можно усмотреть не только «игру в скромность» и даже не только проверку настроений граждан, а своеобразную форму разжигания политических симпатий и антипатий, которые, конечно же, невозможны в условиях абсолютной деспотии. И недаром отзвук этого собора будет сохраняться и в начале XVII в., когда