В этих условиях важную роль в спасении государства сыграла Русская Православная Церковь и патриарх Гермоген. Гермо-ген не только отказался сотрудничать с интервентами, но и всячески побуждал русский народ к организации сопротивления. С декабря 1610 г. он стал рассылать грамоты по городам с призывом подняться против «литовских людей», а также «разрешил» (т.е. освободил) русских людей от присяги королевичу Владиславу. Таким образом, всенародная война против польских интервентов в глазах народа приобрела легитимный, законный характер. И не случайно, что поляки были уверены: восстание -дело рук патриарха. Об этом сообщали Маскевич, гетман Жол-кевский, а также ряд русских источников. И в дальнейшем народное движение по созданию ополчений совершалось «по благословению» патриарха Гермогена. Так, грамота Прокопия Ляпунова в Нижний Новгород от 31 января 1611 г. прямо призывает идти к Москве «по благословению» патриарха Гермогена и Совету всей земли. Именно эта формулировка - «по благословению патриарха» — и прижилась в посланиях времени Первого ополчения — грамотах городов. А в некоторых случаях патриаршее «благословение» заменило «государев царев и великого князя указ» (в частности, по «благословению» патриарха стали выдаваться казенные подорожные). Глава церкви служил примером в стоянии за православную веру, которому должны были последовать все православные христиане. А сам Гермоген стал знаменем восстания и духовным лидером ополчения.
Поляки жестко отреагировали на стойкость патриарха. С начала 1611 г. он уже находился под домашним арестом на патриаршем подворье, в марте его заточили под стражу на Кирилловом подворье в Московском Кремле. Осенью 1611г. Гермогена заточили в подземную тюрьму Чудова монастыря, где его стали «морити гладом и умориша его голодною смертию». Патриарх Гермоген преставился 17 февраля 1612 г. и был погребен в Чудовом монастыре в Москве.
После смерти Гермогена местоблюстителем патриаршего престола отложившиеся от поляков города считали митрополита Казанского Ефрема, который стал одним из организаторов поддержки Второго ополчения. Ефрем использовал ресурсы подвластной ему Казанской епархии, в которой он оставался «почти единственным авторитетным лицом и в церковной и в гражданской области», и призывал к этому остальных иерархов церкви и все города.
В целом во время Первого и Второго ополчений центральной властью на местах считались церковные иерархи с Освященными соборами: они выполняли функции глав местных правительств. Именно им в первую очередь адресовались грамоты, содержащие отчеты о действиях Первого и Второго ополчений и положения в стране, просьбы о присылке денег для жалованья и сбора ратных людей. Большое влияние на организацию и действия ополчений сыграли воззвания братии Троицкого монастыря во главе с архимандритом Дионисием и келарем Авраамием Палицыным. Грамоты также призывали присылать ратных людей и денежную казну на помощь воеводам, соединившимся для освобождения Москвы от поляков.
И в этих условиях на спасение родной земли от иноземного завоевания поднялась сама «Земля» — по всей России стало складываться земское освободительное движение.