Отец Алексия черниговский боярин Федор Бяконт переселился в Москву при Данииле Александровиче. В Москве и родился будущий митрополит. Жития Алексия редактировались в XV в., отчасти уже под влиянием Жития Сергия Радонежского. Так, в редакции жития Никоновской летописи, где рассказывается о борьбе за великокняжеский стол нижегородских князей, церкви в Нижнем Новгороде по распоряжению митрополита в 1363 г. закрывает Сергий Радонежский. Эта версия широко представлена и в литературе. Но, согласно Рогожскому летописцу, церкви закрывали «архимандрит Павел да игумен Герасим», церковные деятели из ближайшего окружения Алексия.
Дату рождения будущего митрополита летописцы рассчитывают исходя из довольно противоречивых данных. Так, если он был на 17 лет старше Семена Ивановича, то датой рождения должен быть 1300 г. Но в заключении сообщается, что он скончался в возрасте 85 лет, тогда датой рождения получается 1293 г. Из фактов биографии митрополита, конечно, самым существенным является близость его к Ивану Калите, крестником которого он являлся. Очевидно, черниговский боярин заслужил доверие Даниила Александровича, а выбор он сделал в то время, когда Москва еще не могла соревноваться с Тверью. У Федора Бяконта была большая семья. Алексий имел четырех братьев и несколько сестер. От братьев пойдут боярские роды Игнатьевых, Жеребцовых, Фоминых, Плещеевых. Род Фоминых будет служить у митрополитов. А племянник Алексия Даниил Феофанович займет одно из первых мест при Дмитрии Донском.
Согласно Житию, Алексий начал думать об уходе в монастырь ' в 15 лет, а принял иноческий постриг пять лет спустя. С раннего детства Алексий пристрастился к чтению, а будучи в Богоявленском монастыре «всякое писание Ветхое и Новое извыче». В этом же монастыре был пострижен старший брат Сергия Радонежского Стефан, с которым Алексий пел в монастырском хоре на клиросе. По Житию, Алексий пробыл в монастыре 20 лет, после чего Иван Калита и Феогност перевели его в митрополичью резиденцию. Когда это произошло, из житийного рассказа установить трудно, можно лишь предполагать, что случилось это после 1332 г., когда Калита соединил в своих руках и Московское, и Владимирское великие княжения.
В литературе обсуждался вопрос: знал ли Алексий греческий язык? Л.П. Жуковская убедительно доказывала, что, конечно, знал. А вот знал ли Феогност русский — приходится сомневаться. Греческие митрополиты и епископы на Руси чаще всего местного языка не знали. Алексий потому и понадобился в митрополичьей резиденции, что он исполнял роль посредника в общении митрополита с русским духовенством и князьями.
Вскоре после кончины Ивана Калиты Алексий назначается митрополичьим наместником во Владимире, а в 1352 г. получает сан епископа во Владимире, где после длительного перерыва восстанавливается самостоятельная епархия, а митрополия отсюда фактически переходит в Москву. В этом же году Семен Иванович и Феогност направляют послов в Константинополь, дабы подготовить приезд туда Алексия как кандидата на митрополичий сан.
В литературе можно встретить утверждения, будто Алексий разделял взгляды исихастов. Но «тщательное испытание», которому был подвергнут кандидат в митрополиты патриархом Филофеем, а затем повторная поездка Алексия в Константинополь, вроде бы уже посвященного в сан митрополита и признанного в таком качестве в Орде, показывает, что согласия-то с исихастами у него как раз и не было. Исихасты представляли «наднациональную общину».
Никифор Григора, византийский автор середины XIVв., обрушивается на Алексия, уверяя, что московский кандидат в митрополиты купил себе сан, раздавая направо и налево взятки. Но иначе, как показывает тот же Григора, в Константинополе ничего получить было невозможно. Позднее, самозваный претендент на московскую митрополию Пимен раздаст огромную сумму в 20 тысяч рублей, занятых по подложным грамотам у константинопольских ростовщиков. И наши летописцы привносят тот же упрек византийским порядкам, что и Григора.