Были годы, когда в напряженной обстановке борьбы с польско-шведскими интервентами и отголосками движений начала века еще не окрепшая верховная власть нуждалась в почти непрерывной деятельности земских соборов. Таковы соборы 1613 - 1615, 1616 - 1619, 1619 - 1622 гг. Земские соборы этого десятилетия обсуждали вопросы мобилизации ресурсов для подавления движения казачества, а также введения чрезвычайных налогов в пользу служилых людей, боровшихся с польско-шведскими войсками, и на ликвидацию последствий разорения страны.
Затем в созыве земских соборов наступает десятилетний перерыв и очередные соборы заседали в связи с внешнеполитическими событиями: Смоленской войной (1632 и 1634), обострением отношений с Крымским ханством (1636 - 1639) и взятием Азова донскими казаками (1642). Два земских собора (1648 и 1650) правительство царя Алексея Михайловича созвало в связи с городскими восстаниями в Москве и Пскове.
Земский собор 1653 г., принявший постановление о воссоединении Украины с Россией, считается последним собором полного состава. Это утверждение заслуживает внимания вследствие того, что появились труды, авторы которых открыли множество земских соборов, ранее неизвестных науке. Собор в переводе на современный язык означает совещание. Земскими соборами принято считать совещания с непременным участием в нем трех составных частей или курий: Освященного собора (духовных иерархов), Боярской думы и представителей Земли. Отсутствие одной из курий, прежде всего представителей Земли, лишает права причислять такие совещания к земским соборам, их следует называть просто Соборами.
Угасание этого института в последующие десятилетия выразилось в том, что правительство перешло к практике приглашения на совещания лишь представителей сословий, в мнении которых оно было заинтересовано. К ним относится совещание с торговыми людьми, вызванными в Москву в 1662 г. в связи с финансовым кризисом: правительство пыталось выяснить причины обесценивания денег и вызванного им Медного бунта.
На так называемом "соборном деянии", утвердившем в 1682 г. отмену местничества, присутствовало две курии - Боярская дума, Освященный собор, но отсутствовали выборные от "третьего сословия". В этом тоже нет ничего удивительного, ибо совещание обсуждало акт, важный для служилых людей по отечеству, но не касавшийся посадских и купечества. Указ о созыве последнего Земского собора был опубликован 18 декабря 1683 г., в связи с обсуждением условий Вечного мира с Речью Посполитой, но его открытие в связи с продолжением военных действий так и не состоялось, и явившимся в Москву выборным было в марте 1684 г. разрешено отправиться по домам.
Окрепшее самодержавие более не нуждалось в поддержке сословно-представительного органа. Он был оттеснен правительственными учреждениями - приказами, а также Боярской думой, в которой набирали силу дворяне и приказные дельцы.
В Боярской думе во второй половине XVII в. прослеживаются двоякого рода изменения: в Думе повышался удельный вес думных дворян и думных дьяков, т. е. людей, проникавших в аристократическое учреждение благодаря личным способностям. В 1653 г. на долю бояр и окольничих приходилось 89% общего числа членов Боярской думы, в 1700 г. удельный вес их снизился до 71%. Дума, таким образом, становилась на путь превращения феодально-аристократического учреждения в более "демократическое".
Второе изменение относится к увеличению численности Боярской думы. Если в 1638 г. в Думу входили 35 членов, то в 1700 г., несмотря на то что Петр I еще в 1694 г. прекратил пожалования в думные чины, Дума насчитывала 94 человека. Следовательно, Дума превратилась в громоздкое учреждение, практически парализованное своей численностью. Именно поэтому Алексей Михайлович создал при ней государеву комнату, а его сын в 1681 г. Расправную палату - учреждение, состоявшее из узкого круга лиц, предварительно обсуждавших вопросы, выносимые на заседания Боярской думы.
Существенные изменения претерпела и приказная система. XVII в. считается временем ее расцвета. Это была довольно сложная и громоздкая система центральных учреждений, в которой отсутствовали как единые принципы создания приказов, так и четкое распределение функций между ними. Этим объясняется многослойность их классификации.
Существовали постоянные и временные приказы. Последние возникали для решения сиюминутных задач и прекращали существование, как только отпадала в них надобность. К ним относится, например, приказ боярина Н. И. Одоевского, созданный для составления Уложения. Недолговечным был Записной приказ, созданный в 1657 г. для написания истории царствования Алексея Михайловича. Приказ действовал полтора года и прекратил существование в связи со смертью его руководителя. К временным приказам относились также Монастырский приказ, Бархатный приказ и др.