В годы правления Алексея ситуация на северо-востоке Руси существенно менялась. Золотая Орда была потрясена жестокими междоусобицами. На глазах росло могущество Великого княжества Литовского. Москва после смерти князя Ивана Красного переживала внутренние неурядицы, которые некому было пресечь твердой рукой, - князю Дмитрию шел лишь десятый год. Воспользовавшись этим, суздальский князь Дмитрий Константинович получил в Орде ярлык на великое княжение. Но именно в это трудное для Москвы время и определилось политическое лицо Алексея. Он не устранился, подобно своему предшественнику, от политической борьбы, а, напротив, активно в нее вмешался.
Митрополит Алексей неофициально возглавил правительство Москвы. Соединение в его руках светской и духовной власти способствовало торжеству дела потомков Калиты. Москва, руководимая искушенным правителем-митрополитом, очень скоро не только вернула утраченное, но и стала завоевывать новые позиции. Характерно, что для достижения своих Целей Алексей прибегал даже к таким сомнительными способам, как арест политических противников, поверивших "слову" митрополита. Так, в 1368 г. был брошен в темницу Михаил Тверской, приехавший под митрополичьи гарантии в Москву.
Использовал митрополит и высокий духовный авторитет Сергия Радонежского. По-видимому, не без участия Сергия, подкрепленного движением московской рати, было сломлено стремление ростовского князя Константина Васильевича обрести независимость. Появление знаменитого игумена в 1364 г. в Нижнем Новгороде, где им были запечатаны все церкви, заставило князя Бориса Константиновича в конце концов покинуть захваченный им город и пойти на мир со своим старшим братом Дмитрием Константиновичем. Но подобные услуги дорого стоили: князь Дмитрий принужден был в том же году "добровольно" уступить ярлык на Великое княжение подросшему московскому князю. Следует, однако, подчеркнуть, что эта победа - не только итог расчетливой политики митрополита, заставившей суздальского князя принять подобное решение. Москва уже определилась в роли руководящей силы Великороссии. Она настолько выделялась среди других княжеств, что владимирцы в своей ориентации на сильного не желали иных князей, кроме их московских "природных государей". Московские князья, в свою очередь, привыкали смотреть на Великое княжение как на наследное.
Это явное возвышение Москвы вызвало опасения в Золотой Орде. Наметилось сближение Орды, Литвы и тверских князей. Союз этот был непрочен и внутренне противоречив. Но тем не менее он грозил Дмитрию Ивановичу и Алексею большими бедами. В этих условиях Алексей настоял на умеренности и осторожности. В 1371 г. московский князь отправился с поклоном в Золотую Орду к захватившему власть Мамаю. Мамай отступился от князя Михаила Тверского. Опасное сближение удалось нейтрализовать, и Твери пришлось в дальнейшем в одиночестве завершать борьбу. Но силы были слишком неравны. В 1375 г. московский князь с союзниками, получив благословение митрополита, осадил Тверь. Михаил Тверской сдался. Мирный договор зафиксировал неравное положение сторон. Тверской князь признавал Дмитрия Ивановича "старшим братом" и отказывался от Великого княжения даже в том случае, если его станет жаловать сам хан.
Отношения Алексея с повзрослевшим Дмитрием Ивановичем были далеко не такими безоблачными, как обыкновенно представляются историками церкви. Митрополит был противником обострения отношений с Золотой Ордой. Московский князь все более склонялся к мысли о выступлении против правителей Орды. Тяготился, по-видимому, Дмитрий Иванович и теократическими наклонностями митрополита. Возникшие трения отражали различия в положении и целях светской и духовных властей, государства и церкви в период собирания земель. Дмитрий Иванович даже требовал от стареющего митрополита назначить себе преемника, Митяя, человека незаурядного, близкого к московскому князю. Алексей противился этому желанию, опасаясь, что Митяй не сумеет отстоять перед светской властью интересы митрополии. Он даже попытался противопоставить Митяю Сергия Радонежского, которого прочил в митрополиты. Однако Сергий наотрез отказался от митрополичьего сана.