Но тем не менее опричнина серьезно подорвала пережитки удельной старины в стране, хотя вряд ли царь ставил перед собой именно эту задачу: он стремился лишь к усилению своей личной власти. Первым из этих пережитков была относительная самостоятельность церкви, которая выступала еще как союзница, а не простой придаток царской власти. В 1566 г. оказался вакантным митрополичий престол: митрополит Афанасий не хотел быть "опричным" митрополитом. Иван Грозный призвал на митрополию игумена Соловецкого монастыря Филиппа Колычева. Отпрыск боярского рода, он постригся в монахи из-за участия в мятеже Андрея Старицкого. С самого начала он потребовал отменить опричнину, но затем дал обещание в нее "не вступаться". Однако многочисленные казни, часто невинных людей, к тому же из близкой Филиппу среды, заставили его смело выступить с обличением царя. Митрополита по клеветническим обвинениям низложили и заточили в монастырь. Свержение Филиппа подорвало самостоятельность церкви.
Главным политическим соперником Иван IV считал Владимира Андреевича Старицкого. В 1566 г. царь отобрал у удельного князя отцовский удел с преданными ему служилыми людьми и заменил новыми землями. Вскоре он решил расправиться с ним окончательно. Повар царя донес, что Владимир подговаривал его отравить царя. Ложный донос был, вероятно, инспирирован самим Иваном: ведь и повара вскоре казнили. Осенью 1569 г. царь приказал Владимиру Андреевичу, его жене и младшей дочери принять яд, а мать князя казнили в Горицком монастыре.
Осенью 1569 г. в руки царя попал донос о том, что новгородцы хотят изменить: царя извести, на престол посадить Владимира Андреевича, а самим - перейти под власть польского короля. Донос пришелся кстати: Ивану Грозному давно хотелось разделаться с Новгородом, в котором не только жила некоторая симпатия к старицким князьям, но и сохранялись пережитки времен самостоятельности и воспоминания об этом времени. В декабре 1569 г. войско опричников во главе с Иваном Грозным выступило в поход на русский город. Путь опричников к Новгороду был отмечен зверскими массовыми казнями, насилиями над женщинами. Под Тверью Малюта Скуратов, любимый царский палач, который выдвигается в ряды главных руководителей опричнины, задушил митрополита Филиппа. В самом Новгороде погром длился 6 недель. Погибли тысячи жителей, многих сбросили под лед Волхова, часто перед смертью их подвергали жестоким пыткам. Все церкви были ограблены. Город был опустошен. Опричники грабили и убивали без разбора и в Новгородской земле. Многие насильно вывозили в свои владения крестьян. Известен рассказ немца-опричника Генриха Штадена о том, как он собрал собственный отряд грабителей и при помощи пыток выведывал у встречных, где можно хорошо пограбить. С удовольствием вспоминал опричник, как одну помещицу собственноручно зарубил. "Когда я выехал с великим князем, у меня была одна лошадь, вернулся же я с 49-ю, из них 22 были запряжены в сани, полные всякого добра", - пишет он. Этот варварски жестокий погром привел к упадку Новгорода.
Достижение, быть может даже помимо воли самого Ивана IV, некоторых успехов в централизации в результате опричнины не дает оснований считать прогрессивной опричную политику. Борьба с пережитками удельной старины вытекала из всего хода развития страны, она шла и в годы правления Избранной рады, и даже более успешно. Эту борьбу можно было вести разными методами. Путь опричнины был не лучшим, он был разорителен для страны и мучителен для народных масс.
После новгородского погрома начались казни и самих опричников. Смерть Марии Темрюковны (1569) ускорила гибель боярской группировки, создавшей опричнину. Погибли отец и сын Басмановы, М. Т. Черкасский с женой и шестимесячным сыном, князь Афанасий Вяземский. Во главе опричнины стали теперь Малюта Скуратов и другой палач - Василий Грязной. Они вошли в Боярскую думу в качестве думных дворян: это был появившийся в годы опричнины чин для незнатных членов Думы.
Летом 1570 г. на Красной площади в Москве изощренным казням было подвергнуто несколько десятков человек. Казнили и сам царь, и его приближенные. Опричнина окончательно выродилась в банду грабителей и убийц с высокими титулами. В Александровской слободе царь создал нечто вроде опричного монастыря, где сам был игуменом. Во время многочасовых молебнов, перемежавшихся разгульными пьяными пирами, отдавались Приказания о казнях и пытках. Опричники в черных одеяниях с мрачными символами верной службы царю (метла - чтобы выметать измену, собачья голова - чтобы выгрызать) наводили ужас на страну.