Уже тогда Дума обрела внутреннюю структуру. Помимо высшего думного чина существовал более низкий – окольничие. Для решения конкретных вопросов Дума выделяла (по распоряжениям великого князя) временные комиссии. Обычно речь шла о международных переговорах или судебном разбирательстве: нескольким боярам в Москве как высшей судебной инстанции докладывались дела, предварительно разбиравшиеся судьями низшей инстанции. Функции и прерогативы Думы расширялись по мере усложнения и дифференциации задач государственного управления. Она постепенно превращается в «соправительствующий» орган при монархе в едином государстве. Потому, кстати, и была столь болезненной опала князей Патрикеевых и Ряполовских в 1499 г. Важно, что Дума становится ядром сословной организации благородной части общества. В государевом дворе, который переживал при Иване III существенные изменения, она стала высшей его частью, задававшей тип связей в рамках этого социального института (в нем объединялась аристократическая и политическая элита российского дворянства). Дума также – ядро совещательных органов широкого состава, созывавшихся великим князем в канун решительных событий.
Обязательными участниками широких совещаний при Иване III были виднейшие представители русской церкви,
объединенные в рамках важнейшего ее института – Поместного собора. Эти регулярно собиравшиеся собрания всех иерархов российской церкви (после окончательного отпадения православных епархий в Литве – канонические и государственные границы совпали), виднейших представителей монашества и белого духовенства имели предметом обсуждения собственно церковные вопросы. На них происходили избрание и поставление московских митрополитов и епископов на освободившиеся кафедры. Проблемы евангелизации и катехизации общества (важнейшие функции христианской церкви) приобрели во второй половине XV в. особое значение. Прежде всего потому, что перед многими российскими жителями, вовлеченными в торговлю, политику, жившими в крупных городах, буквально на глазах решительным образом менялась картина мира. Он оказался намного больше и намного сложнее привычных для удельной Руси представлений. В этом большом мире должна была найти свое особенное место Россия как православная страна.