Толчок к ней дал новгородский архиепископ Геннадий (до поставления – архимандрит московского Чудова монастыря и очень близкое к Ивану III лицо). Тем не менее его попытки придать искоренению ереси общерусский размах, поразить суровостью наказаний долгое время не давали результата. Лишь после смерти митрополита Геронтия, при новом московском первосвятнтеле Зосиме (его, кстати, самого позднее обвинили в еретичестве, хотя вряд ли основательно) в октябре 1490 г. был созван церковный Собор с участием
самого великого князя и ближайших его советников. Взгляды еретиков были осуждены, некоторые новгородские священники, перебравшиеся в Москву, были извергнуты из сана, аресту подверглось довольно много лиц. Но великий князь скорее всего отказался от светского преследования осужденных (как то было принято в практике православных государств), отослав их к новгородскому владыке. Тот устроил позорное шествие, часть еретиков была подвергнута пыткам (от которых некоторые умерли), а затем сосланы в заточение. Неутомимым обличителем московских еретиков стал архимандрит Иосиф Волоцкий. Его многолистные послания с резким осуждением еретических воззрений прошумели в 90-е годы на всю страну. Волоцкий игумен рассылал их множеству иерархов и видных монахов. Решительный поворот произошел после окончательного падения Дмитрия-внука и его матери, смерти виднейшего дьяка и дипломата Федора Курицына (ок. 1500 – 1501 г.) и начавшейся болезни самого Ивана III. На соборе 1504 г. еретики были осуждены вновь, а в декабре того же года запылали клетки с осужденными на льду Москвы-реки и Волхова – около десятка виднейших представителей ереси были сожжены. В их числе известный дьяк Иван Курицын, сын боярский Д. Коноплев, юрьевский архимандрит из Новгорода Кассиан и другие, менее известные лица. Никогда в истории России не было столь жестоких расправ по такого рода делам. Это вызвало явное неудовольствие и среди белого духовенства, и в монашествующей среде.