Еще нагляднее это прослеживается в отношении монастырей. Опять-таки в идеале они канонически подведомствены местному епископу. Но то в теории. На практике замещения освободившихся должностей игумена или архимандрита были почти целиком в руках того или иного князя. Это непростая сфера взаимоотношений светской и духовной властей, в которой сталкивались их интересы. Но именно здесь хорошо различимы признаки превращения русской православной церкви в государственно-национальную. В XV – XVI вв. данный процесс охватил разные уголки Европы.
Прежде всего, даже начало автокефалии церкви означал разрыв с Константинопольским патриархатом, в чьем каноническом ведении находилась московская кафедра. Случилось это после ареста митрополита Исидора, последнего ставленника патриарха в Москве. Приказ об аресте от имени великого князя воспоследовал сразу по завершении им литургии в Успенском соборе, которую он совершал в соответствии с принятой на Ферраро-Флорентнйском соборе унией католической церкви и православной. Исидор показал себя ревностным ее сторонником. Ему дали возможность бежать в Тверь в том же 1441 г., откуда он вскоре удалился в Литву. В течение некоторого времени сама кафедра в Константинополе была занята приверженцами унии, в 1453 г. столица Византийской империи пала, оказавшись под властью турок-османов. Все это сделало невозможным восстановление канонического и юридического верховенства патриархата над Москвой. Первым московским митрополитом, избранным и поставленным на Поместном соборе российских иерархов в 1448 г., был Иона. Он сам успел указать перед смертью на своего кандидата, процедура выборов Филиппа и Геронтия не вполне ясна (с точки зрения участия в них великого князя). Позднее именно его решение было определяющим, хотя формальный выбор и само поставление происходили на Поместном соборе владык русской церкви.