В 1459 г. совпали канонические пределы московской митрополии с политическими границами рождавшегося Российского централизованного государства. Это произошло в результате окончательного обособления в самостоятельную митрополию православных епископств Великого княжества Литовского. Московская митрополия была единственной наследницей бывшей Киевской митрополии, так что новое учреждение митрополичьей кафедры в Киеве было произведено под политическим
давлением Казимира IV. С тех пор территориальные границы прерогатив московских святителей менялись лишь с изменением государственных границ России. Заметим попутно, что с сугубо формальной точки зрения несовпадение церковных и государственных рубежей сохранялось недолгое после 1459 г. время – пока не ушла в небытие государственная самостоятельность Новгорода, Твери, Рязани.В тяжкие и кровавые годы усобицы в московском княжеском доме упрочилась тесная связь между московскими первонерархами и московской правящей династией. Ни князь Юрии Дмитриевич, ни его сыновья – князь Василий Косой и Дмитрий Шемяка – не получили церковной санкции своих претензий на великокняжескую власть. Особенно велики заслуги митрополита Ионы – благодаря его усилиям неудачливый в делах и в бою Василий II добился все же окончательного успеха. И что, пожалуй, важнее. Иона, Филипп, Геронтий, ростовский владыка Вассиан постепенно формировали и формулировали (в текстах и на практике) политическую доктрину Российского государства как полностью суверенного христианского православного царства. Понятно, что акцент делался на вероисповедном компоненте, что ликвидация зависимости от Орды и ханов описывалась в терминах борьбы с «незаконным» исламом, конфликты же с Литвой – как противостояние схизме католичества.