Тем не менее в ближайшие дни после восстания к Москве подступили все отряды. Встала задача организационного оформления первого земского ополчения. Высшая власть – законодательная, судебная, отчасти исполнительная – принадлежала Совету ополчения, своеобразному Земскому собору. Руководство текущим управлением лежало на трех лицах: боярах и воеводах Д.Т. Трубецком и И.М. Заруцком, думном дворянине П.П. Ляпунове, а также вновь создаваемых ведущих приказах. В приговоре ополчения от 30 июня подробно расписывался порядок земельного устройства дворян, их денежного жалованья и гораздо меньше говорилось о казачестве. Теперь же речь шла об очень важном элементе общественной структуры: в балансе военных сил, спектре политических притязаний и социальных предпочтений вольному казачеству принадлежали важные позиции. Именно в рамках первого ополчения оно приобретает новые черты: отдельные станицы и отряды образуют некое военно-организационное единство. Конфликт Ляпунова с казаками наглядно проявил глубину социальной розни казачества и дворянства, высветив особенности устройства казаков. Ляпунов трижды вызывается на «великий круг» и появляется лишь на третий раз. Показательна публичная процедура обвинения и хотя бы формально соблюденная возможность Ляпунову ответить на обвинения. Наконец, казнь осуществлена коллективно. Все эти признаки (вне зависимости от того, сколь справедливым было обвинение) указывают на войсковую организацию вольных казаков.
Убийство Ляпунова привело к массовому отъезду из-под Москвы дворян и даже приборных служилых. Этому способствовало и отсутствие единого плана восстановления государства. Приговор об обращении за военной помощью в Швецию в обмен на возможное призвание одного из двух сыновей короля Карла IX был, скорее, тактическим ходом. Если продолжить цепь неудач, то итоги к исходу лета 1611 г. будут
совсем незавидны: после очередного штурма польских войск в июне пал Смоленск; опираясь на приговор Совета ополчения и позицию местной верхушки, шведские войска вошли в Новгород, а затем оккупировали новгородские земли, зафиксировав в договоре право шведского королевича на русский трон или на Новгородскую область. Наконец, кризис в казачьих таборах под Москвой достиг угрожающего уровня.