Еще в сентябре началось постепенное слияние обоих ополчений. Вслед за взятием Москвы в ней сформировались объединенный Совет (с его санкции выдавались значимые жалованные грамоты) и приказы. Требовалась перестройка военной организации и прежде всего перерегистрация казачьих отрядов. Это вызвало недовольство с их стороны. В декабре основная часть дворян разъехалась по имениям, так что в столице численно преобладали казаки. Первые грамоты с призывом избирать депутатов на Земский собор были направлены по городам вскоре после очищения столицы. Сроки работы Собора переносились не один раз. Но в первой декаде января 1613 г., до подъезда депутатов из ряда городов, заседания Собора открылись в Успенском соборе Кремля. Предварительно были определены нормы представительства от городов и групп населения. По сравнению с Советом второго ополчения особой новизны не было. Полагалось 10 человек от города при сохранении того перечня сословий, по которому призывали в Совет ополчения, включая черносошных крестьян. Традиционные и ведущие курни Собора – Освященный собор. Дума, дворовые московские чины (включая приказных), сохранили свою роль.