С присоединением к Москве этого круга земель не произошло значительной ломки существующих социальных структур. Правда, главные центры отдельных земель и значительная часть территорий перешли под управление великокняжеских наместников, но местные князья сохранили за собой обширные владения на территориях своих бывших княжеств. Они первоначально оставались настоящими «государями», не уплачивавшими налогов и обладавшими всей полнотой административно-судебной власти над зависимым населением. Однако постепенно князья стали входить в состав правящей элиты Русского государства, получая от великого князя военные и административные назначения: князья суздальские и ярославские стали назначаться на посты наместников в городах в 70—90-х гг. XIV в., тверские князья — в первом десятилетии XVI в. Положение их владений постепенно приближалось к положению обычных крупных вотчин, но произошло это далеко не сразу. Бояре и дети боярские — вассалы местных князей — стали вассалами великого князя московского. Их верхушка к середине XVI в. вошла в состав великокняжеского двора, что давало им право на получение военных назначений и кормлений на всей территории Русского государства. Что касается местных монастырей и соборов, то теперь их ктитором-патроном со всеми вытекающими отсюда правами становился великий князь московский.
При присоединении этих территорий государственная власть сделала местным землевладельцам серьезную уступку: «уложение» Ивана III устанавливало, что в этих землях «мимо тех городов людем вотчин не продавати», т. е. люди из других уездов не могли приобретать здесь вотчин; земельные сделки с такой землей могли производиться только в кругу землевладельцев соответствующего административного округа; владения членов княжеских родов также могли продаваться лишь в семейном кругу. Конечно, дело не обошлось без конфискации земель у отдельных бояр и детей боярских, но эти действия явно не достигали такого размаха, чтобы изменить судьбу целых социальных слоев. В частности, о таких мерах власти говорится в рассказе Ермолинской летописи о присоединении Ярославского княжества.
Еще более осторожный характер носила политика великокняжеской власти по отношению к правителям «верховских княжеств», которые с началом русско-литовских войн на рубеже XV–XVI вв., порвав свою зависимость от Литвы, перешли на сторону Ивана III. Хотя «верховские князья» уже в 20— 30-х гг. стали входить в состав Боярской думы московского князя, в своих владениях они пользовались всей полнотой власти вплоть до середины XVI в.
Присоединение Новгорода и Пскова к единому государству.
По-иному складывались отношения великих князей московских с Новгородом. Новгородское боярство, привыкшее быть полным хозяином в своем государстве, не проявляло никакого желания подчиняться их власти. В 50-х гт. XV в. новгородское боярство, дав приют Дмитрию Шемяке, вообще разорвало свои связи с Великим княжеством Московским. После поражения новгородского войска под Старой Руссой в 1456 г. Новгородское государство оказалось вынуждено выплатить Василию Темному большую контрибуцию «за истому», обязалось отдать спорные территории на севере и вернуть княжеской власти ее традиционное положение в системе государственных институтов. Поездка Василия II в Новгород в 1460 г. свидетельствовала о том, что великий князь намерен добиваться реального выполнения своих требований. Однако новгородское боярство не желало ни уступать спорных территорий на Севере, ни возвращать княжеской власти традиционно принадлежавшие ей земли и доходы в Новгороде.Сохранить свои позиции новгородское боярство пыталось путем сближения с Литвой. Первая попытка серьезных переговоров о новгородско-литовском союзе была предпринята в начале 60-х гг. XV в. В конце 60-х гг. в Новгород как служилый князь был приглашен один из представителей литовской аристократии Михаил Олелькович, а позднее был составлен проект договора о признании новгородским князем великого князя литовского Казимира. Планы новгородско-литовского союза были сорваны благодаря энергичным действиям Ивана III, в 1471 г. объявившего войну Новгороду.