Ход военной кампании обнажил внутренние противоречия Новгородского государства. На поле боя не удалось добиться взаимодействия между военными отрядами бояр и ополчением «молодших людей», которые не желали умирать за интересы боярской олигархии. К тому же они и не смогли как следует снарядиться на войну, не имея, как ранее, государственной поддержки. Не поддержал сторонников пролитовской ориентации и новгородский архиепископ, запретивший своему полку «на великого князя руку подымут». Все это привело к поражению новгородского войска в сражении на реке Шелони 14 июля 1471 г. Обнаружившиеся противоречия старалась использовать великокняжеская власть. Приказав казнить новгородских бояр — инициаторов договора с Казимиром, Иван III одновременно освободил без выкупа попавших в плен «молодших людей». Потерпело поражение и другое новгородское войско на Северной Двине, так как «двиняне не тягнуша» к нему на помощь.
По миру 1471 г. Новгородское государство выплатило огромную контрибуцию 16 тыс. руб., утратило ряд территорий на севере, обязалось не заключать никаких соглашений с Литвой. Особой статьей устанавливалось, что великому князю должен быть представлен на утверждение новгородский свод законов — Новгородская судная грамота, в его пользу должна была поступать половина установленных в нем судебных штрафов.
Своими правами верховного судьи Иван III воспользовался, чтобы еще более ослабить враждебное ему новгородское боярство. Зимой 1475/1476 г. он прибыл в Новгород, чтобы рассмотреть жалобы «молодших людей» на насилия со стороны бояр. В результате ряд наиболее упорных противников великого князя из числа новгородского боярства был осужден; одни осужденные были арестованы и увезены в Москву, а их земли конфискованы, другие приговорены к крупным денежным штрафам.
Когда осенью 1477 г. началась новая военная кампания, московское войско, двигаясь к Новгороду, не столкнулось по пути с каким-либо сопротивлением, а многие новгородские бояре поспешили «приказаться в службу» великому князю. Оказавшийся в осаде Новгород капитулировал в январе 1478 г. Вече перестало созываться, вечевой колокол был отправлен в Москву, население города было подчинено власти великокняжеских наместников, поселившихся на «Ярославле дворище». Новгородские бояре стали вассалами великого князя. Им было сделано несколько уступок: великий князь обещал, что они останутся в Новгороде и сохранят за собой свои вотчины, их не будут вызывать на суд в Москву и заставлять нести военную службу за пределами Новгородской земли. Все это было актом «пожалования» со стороны великого князя, но он категорически отказался скрепить свои обещания присягой.
Установленный порядок просуществовал, однако, недолго. Уже при капитуляции Новгорода Иван III конфисковал земли ряда новгородских бояр, обвиненных в «измене», и отобрал значительную часть земель у архиепископской кафедры, Юрьева монастыря и пяти кончанских монастырей. В великокняжеском летописании эти меры в отношении церкви сопровождались пояснением: «быша бо те волости первое великих же князей, ино они их освоиша».
В 80-х гг. XV в. наступили еще более значительные изменения. В 1484 г. «поймал князь великии больших бояр новгородскых и боярынь, а казны их и села все велел отписать на себя, а им подавал поместья в Москве и по городом», а затем в 1487/1488 г. Иван III «приведе из Новгорода из Великого многых бояр и житиих людей и гостей, всех голов болши тысячи… и жаловал их, на Москве давал поместья… а в Новгород Великий… послал московских многих лутших гостей и детей боярских». Исследование писцовых описаний Новгородской земли конца XV в. показало, что эти летописные свидетельства полностью соответствуют действительности. Оно выявило, что и новгородская церковь утратила большую часть своих земель.
Таким образом, присоединение Новгорода не ограничилось ликвидацией политических институтов Новгородского государства. Из Новгородской земли была выселена подавляющая часть светских землевладельцев (не только бояре, но и житьи люди), их земельная собственность была конфискована и частично роздана поселенным на этой территории детям боярским из Северо-Восточной Руси. Вместо своих вотчин бывшие новгородские землевладельцы получили новые земли, несравнимые по размерам с теми, которые были утрачены, и к тому же как «поместья» — условные владения без права распоряжения и передачи по наследству. В элиту формирующегося дворянского сословия никто из них не вошел. Однако и вассалам великого князя земли в Новгороде также раздавались как условные владения.
Все это привело к коренным переменам в отношениях собственности в Новгородской земле. Если до конфискаций Ивана III 66 % земельного фонда составляли земли светских вотчинников, 25 % принадлежало церкви, а 9 % составляли государственные — «черные» земли, то к концу XV в. светским вотчинникам принадлежало 4 % земельного фонда, церкви — 5 %, а все остальные земли были собственностью государства.