В этом остром внутриполитическом кризисе позиция дворянства окраин не была однородной. В рядах некоторых крупных дворянских объединений, как, например, нижегородских детей боярских, произошел раскол. Часть дворянских корпораций окраин считала, что добиться уравнения в правах с дворянством Центра можно, не выступая против правительства Шуйского, а, напротив, оказывая ему поддержку. Так поступили дети боярские Смоленского уезда, которые прорвали блокаду Москвы и пришли на помощь царю Василию. В этих условиях в лагере восставших под Москвой начались трения. В середине ноября 1606 г. в правительственный лагерь перешли рязанские дворяне во главе с Прокопием Ляпуновым. В начале декабря, во время решающих боев под Москвой, их примеру последовали отряды детей боярских во главе с Истомой Пашковым. Повстанцы потерпели поражение. Иван Болотников отступил к Калуге, где позднее был осажден правительственными войсками.
Однако подавить восстание не удавалось. Осада Калуги в начале мая 1607 г. закончилась неудачей. В повстанческом лагере появился и занял видное место новый самозванец, сын посадского, а затем терской казак Илейка Муромец, выдававший себя за Петра, сына царя Федора. Он привел большие отряды терских и донских казаков, к которым присоединились запорожцы. Для нового военного похода на Тулу, которая к лету 1607 г. стала главным центром восставших, были мобилизованы огромные военные силы со всей территории государства. Армию возглавил сам царь. Город капитулировал лишь в сентябре 1607 г. после упорной четырехмесячной осады. Царю были выданы предводители восстания Иван Болотников и «царевич Петр» (Илейка Муромец был повешен на Серпуховской дороге, Болотников был сослан в Каргополь и там утоплен), а все остальные отпущены. Царь Василий считал войну законченной. Но его надежды не сбылись — с лета 1607 г. начался новый этап гражданской войны, осложненный внешним вмешательством.
Выступление Лжедмитрия II. Раскол страны.
Население Северской земли по-прежнему не желало подчиняться царю Василию. Летом 1607 г. в Стародубе появился новый самозванец, выдававший себя за спасшегося Дмитрия, — Лжедмитрий II.По свидетельству современников, он в отличие от Григория Отрепьева был уроженцем Речи Посполитой; вспоминали, что Лжедмитрий IIбыл школьным учителем в не большом белорусском городке. Самозванец сразу же получил широкую поддержку. Вместе с тем почти с самого начала к нему стали из-за рубежа приходить на помощь военные отряды арльско-литовской шляхты. Наиболее крупные из отрядов возглавили такие представители знати, правда, второго ранга, как князь Роман Ружинский и Ян Петр Сапега, двоюродный брат литовского великого канцлера. К весне 1608 г. у Лжедмитрия II в Орле собралась целая армия из служилых людей и детей боярских Северской земли, русских и украинских казаков и польсколитовских военных отрядов. В бою под Волховом 30 апреля — 1 мая 1608 г. эта армия разбила войска Василия Шуйского, и для нее открылся путь на Москву. Через месяц Лжедмитрий II стал с войском в укрепленном лагере в подмосковном селе Тушине (отсюда прозвище «Тушинский вор»), откуда предпринимались попытки организовать блокаду столицы.С приходом Лжедмитрия II под Москву территориальные рамки «гражданской» войны резко расширились, захватив уже не только южную, но и северную часть государства. Помимо южных окраин и Поволжья, где тушинцам противостояли только Нижний Новгород и некоторые рязанские города, власть Лжедмитрия II распространилась на большую часть городов запада и северо-запада России, включая такой крупный город, как Псков. Здесь лишь отдельные крупные центры, такие, как Новгород и Смоленск, сохранили верность царю Василию. Наконец, с вступлением на их земли войск Лжедмитрия II начало присягать на верность самозванцу население Центра, а затем севера. К концу 1608 г. его власть распространилась на большую часть территории Русского государства.