Думные дворяне и думные дьяки являлись неаристократической группой чиновной элиты, представляя ее бюрократический элемент. Думные дворяне происходили из рядового дворянства. Думными дьяками становились выслужившиеся приказные дьяки, а иногда и лица из других социальных групп. Так, думный дьяк Назарий Чистый, в 1640-е гг. входивший в управленческую верхушку московского правительства, происходил из среды высшего слоя торговых людей. В 30-е гг. помимо него из гостей в дьяки были переведены Г. Г. Панкратьев и племянник Н. Чистого Алмаз Иванов, а в 1645 г. — Аникей Чистый. Думные дьяки не только составляли своеобразную канцелярию Думы, но, как и высшие думные чины, возглавляли важнейшие московские приказы. В частности, они традиционно стояли во главе Поместного, Посольского и Разрядного приказов.
В первой половине XVII в. численность Боярской думы не превышала 40 человек (в 1617 г. — 40, 1627 г. — 25, в 1638 г. — 35). Пожалование думными и другими чинами было личной прерогативой царя и рассматривалось как царская «милость», повышение в служебно-местнической чести. Однако местничество и от царя требовало соблюдения определенных правил при «сказывании» высших думных чинов. В бояре и окольничие преимущественно жаловались представители древних аристократических родов, причем для членов некоторых знатнейших княжеских фамилий срок службы до получения боярства был минимальным. От воли царя в XVII в. зависело дать боярство выходцу из рядового дворянства. Одним из таких немногих стал происходивший из псковских дворян А. Л. Ордин-Нащокин, в 50—60-е гг. определявший внешнеполитический курс правительства Алексея Михайловича. Для большинства наиболее талантливых представителей дворянских родов венцом карьеры мог стать лишь чин думного дворянина. В то же время отпрыска известных аристократических родов, например Голицыных или Шереметевых, нельзя было назначить думным дворянином. Думный чин мог быть отнят за преступления политического характера. На практике такое хотя и случалось, но происходило крайне редко.
Существовавшие в XVII в. каналы и принципы получения думных чинов приводили к тому, что в составе Думы могли быть как действительно крупные государственные деятели, незаурядные дипломаты, талантливые военачальники и опытные администраторы (Н. И. Одоевский, В. В. Голицын, Д. М. Пожарский, Г. Г. Ромодановский, Ю. Я. Сулешов, Ф. А. Головнин, А. Л. Ордин-Нащокин, А. С. Матвеев, Ф. М. Ртищев, думные дьяки Алмаз Иванов, Д. М. Башмаков. Ф. Ф. Лихачев и др.), так и лица ничем не примечательные, а то и вовсе, по замечанию Г. К. Котошихина
[2], «не ученые и не студерованные».Дума обладала прерогативами высшей власти, участвовала вместе с царем в законодательном процессе и других сторонах правительственной деятельности. Высокий политический статус и полномочия Думы, помимо Судебника 1550 г., были закреплены Уложением 1649 г. В статье 2 главы X записано: «А бояром и окольничим и думным людем сидети в палате, и по государеву указу государевы всякия дела делати всем вместе».
Хотя предложения бояр об изменениях или дополнениях, вносимых в законодательство, формально имели только рекомендательный характер («как государь о том укажет…»), через Думу с ее «приговорами» прошли все наиболее важные законодательные акты, касающиеся феодального землевладения, крепостнических отношений, права и судопроизводства, финансово-податной политики и экономики. Боярские комиссии назначались для ведения посольских переговоров, разбора судных дел, местнических споров, для осуществления управленческих функций на время отъезда царя из Москвы. Думные чины возглавляли ведущие московские приказы, служили воеводами в важнейших административных центрах страны. В целом сфера деятельности Думы охватывала высшее и центральное управление.
В царствование двух первых Романовых царь обычно присутствовал на заседаниях Думы, что отражалось в формуляре приговора: «царь уложил с бояры», «слушав с бояры царь указал и бояре приговорили». К «сидению» «в палате» царь готовился заранее. Он составлял передаваемые для обсуждения боярам вопросы, причем в одних случаях им предлагалось лишь своим приговором оформить уже принятое им решение, в других — вопрос передавался на самостоятельное рассмотрите и решение бояр. Но даже когда по распоряжению царя Дума действовала самостоятельно, царь непременно ставился в известность обо всех ее распоряжениях согласно присяге, приносимой думными чинами, «самовольством без государева ведома никаких дел не делати».
Из наиболее близких и доверенных лиц, в том числе и не имевших думных чинов, составлялся узкий круг личных «советников» царя — «Ближняя дума», в которой в случае необходимости осуществлялось предварительное обсуждение и решение тех или иных вопросов, что позволяло упростить и ускорить их обсуждение в Боярской думе.