На протяжении XVII в. общее число одновременно действующих приказов изменялось мало (в 1626 и в 1698 гг. их было 36), поскольку наряду с возникновением новых приказов происходила их ликвидация или близкие по роду деятельности учреждения объединялись в одно. Некоторое увеличение числа приказов произошло в 1660—1670-х гг., когда их количество временно достигло 43. В эти же годы несколько возросло и число общегосударственных приказов: их стало 30 против 25 в 1626 г. и 26 в конце столетия.
При неизменности в целом количественного состава приказных учреждений разительные перемены к концу столетия произошли в численности управленческого аппарата и в его составе. На протяжении всех десятилетий наблюдался неуклонный рост приказных штатов: в 1626 г. — 623 человека, в 1646 г. — 837 человек, в 1677 г. — 1558 человек, в 1698 г. — 2739 человек. Он происходил за счет младших приказных чинов (подьячих), что отражало идущий процесс бюрократизации управления, усиление роли в нем сугубо канцелярской работы. В 90-х гг. подьячие составляли почти 97 % всех приказных людей. Значительно выросли штаты всех приказов. Если в 20-х гг. в штате большинства приказов имелись один, реже два дьяка и не более 5—10 подьячих, а в крупнейших приказах (Поместном и Большого дворца) состояло 73 подьячих, то в конце 90-х гг. число дьяков в крупных приказах возросло до 7–8, а подьячих стало более 400. Наиболее типичными в это время были приказы, в которых сидели от 30 до 100 подьячих.
Эта группа приказных людей, обладавших большой мобильностью и широко использовавшихся правительством при комплектовании штата временных приказов, для выполнения различных заданий в городах, в полках и посольствах, охватила своей деятельностью всю страну. В литературе (Н. Ф. Демидова) обращено внимание на то, что сформированная в последней четверти XVII в. огромная армия московских подьячих послужила основой для организации государственного аппарата российского абсолютизма.
Уже при царе Михаиле Федоровиче практиковалось одновременное руководство двумя приказами одними и теми же дьяками. После смерти Филарета эта тенденция была продолжена в еще большей степени, причем дьяков заменили лида из ближайшего окружения царя. Так, Б. И. Морозов уже в первые годы царствования Алексея Михайловича (1645—lq76) являлся одновременно судьей пяти приказов (Большой казны, Стрелецкого, Иноземского, Новой Четверти, Аптекарского). Объединение нескольких приказов под началом одного из видных бояр стало характерным явлением государственного управления второй половины XVII в. Конечно, немалую роль в этом играло личное влияние того или иного боярина, в том числе близость к царской фамилии. Однако объективно такое объединение приказов с близкой компетенцией усиливало централизацию ведомственного управления.
Стремление к централизации управления проявилось в создании в 1654 г. Приказа тайных дел, подчинявшегося в отличие от других приказов не Думе, а непосредственно царю. Приказ не имел четкого круга дел. Он управлял дворцовым хозяйством, осуществлял политический надзор, апелляцию по политическим преступлениям, обладал контролирующими по отношению к другим учреждениям функциями. Этот контроль мог быть гласным, но чаще всего негласным и осуществлялся посредством приказных подьячих, рассылаемых с секретными царскими наказами по учреждениям, в армию, в посольства. За финансовой деятельностью приказов наблюдал Счетный приказ, созданный в конце 1650-х гг. Особое место, занимаемое этими учреждениями в приказной системе, было осознано уже современниками. По словам Г. К. Котошихина, Тайный приказ был устроен «для того, чтоб его царская мысль и дела исполнялись все по его хотению, а бояре и думные люди о том ни о чем не ведали».
В
1680-Хгг. была осуществлена новая перестройка ряда сфер управления, приведшая к дальнейшей его централизации. В частности, финансовые вопросы, которые прежде находились в ведении четвертных и различных приказов, отныне были сосредоточены в укрупненном Приказе Большой казны. Все вотчинные и поместные дела, а также дела о службе были изъяты из ведения территориальных приказов и сконцентрированы, первые — в Поместном приказе, вторые — в Разряде.