Патриарх Иоаким выступал с осуждением культурных и бытовых западных заимствований, «латинства» и проявлял крайнюю нетерпимость к иноземцам. Например, он требовал, чтобы из русского войска были отозваны иностранные офицеры. Яркими представителями «латинства» из духовных лиц были Симеон Полоцкий и его ученик Сильвестр Медведев. Переехав из Полоцка в 1664 г. в Москву, Симеон Полоцкий развернул при поддержке Алексея Михайловича разностороннюю деятельность. Он был учителем царских детей Алексея, Федора и Софьи; преподавал в Богоявленской и Заиконоспасской школах; открыл в Кремле придворную типографию, в которой издавал богословскую и учебную литературу, а также собственные сочинения. Симеон Полоцкий считал «разумное» знание необходимой составляющей процесса познания; истинное познание Бога должно исходить из веры и «разумного» знания. Этот подход он воплощал в своей преподавательской деятельности, считая, что в России надо создавать систему светского образования для изучения «гражданских и духовных» наук. Патриарх Иоаким осуждал взгляды и деятельность Симеона Полоцкого, но открыто против него не выступал, поскольку Симеона поддерживали и Алексей Михайлович, и Федор Алексеевич. Только в 1680 г., после смерти Симеона Полоцкого, патриарх обвинил его в отклонении от истинного православия, назвав его сочинение «Венец веры» венцом «из терния, на западе прозябшего, сплетенным».
Трагично сложилась судьба переводчика, поэта и церковного писателя Сильвестра Медведева. Его столкновение с патриархом Иоакимом произошло по богословскому вопросу — о времени пресуществления Святых Даров. Согласно христианскому вероучению непостижимое для человеческого разума превращение хлеба и вина в тело и кровь Христа происходит во время совершения священником таинства евхаристии. Сильвестр в соответствии с католической традицией считал, что евхаристия совершается в момент произнесения на литургии «Христовых словес» — «Приимите, ядите...», а его оппоненты — после возглашения иереем молитвы «И сотвори убо...».
Мнение Сильвестра о моменте пресуществления Святых Даров было оспорено братьями Лихудами, которые обвинили противника в так называемой «хлебопоклонной ереси». В разгоревшейся полемике Сильвестр продемонстрировал не только блестящее знание греческой литературы, но и «рационалистическую методу» как способность человеческого разума к познанию мира. Собственные интересы Сильвестра Медведева захватывали и политическую сферу. В 1689 г., как сторонник царевны Софьи, он был арестован, а в 1691 г. казнен. Патриарх Иоаким в 1690 г. на Церковном соборе добился осуждения «латинствующих».
Последний, одиннадцатый в истории средневековой Руси патриарх Адриан (1690—1700) был сторонником и представителем «древлецерковного благочестия». Нельзя сказать, что, вступив во власть, Петр Алексеевич не считался с церковью. Это было просто невозможно в конце XVII века. Но по мере возмужания (особенно после смерти матери в 1694 г.) в его отношениях с патриархом Адрианом все резче обозначалось неприятие мнений и действий друг друга. В патриаршем «Увещании к пастве» звучала вера в незыблемость православия и надежда на традиционное отношение светской власти и церковной: «Царство убо власть имать точию на земли между людьми... Священство же власть иметь и на земли и на небеси». Свой долг патриарха он видел в том, чтобы свободно высказывать царю мнение по важным вопросам. Эту позицию Адриан отстаивал словом и делом, предавая осуждению петровские новшества: брадобритие, немецкое платье, курение табака. Он видел в этом падение нравов московских людей и наступление западных ересей. По отзывам современников, патриарх Адриан, не отличавшийся ни глубокой ученостью, ни большой смелостью, прежде всего заботился о сохранении для себя белого клобука и мантии. Но положение главы церкви обязывало его возвышать голос, просить светскую власть о милосердии. В 1698 г. Адриан выступил перед царем ходатаем за бунтовавших стрельцов. На мольбы патриарха о смягчении наказания Петр ответил предельно ясно: «Я не меньше тебя чту Бога и его Пречистую Матерь, но мой долг — казнить злодеев, умышлявших против общего блага». Фактически этими словами Петр определил и свои отношения с патриархом, и положение церкви в обществе.