Последнее по времени перед событиями 1648 г. челобитье от 44 «служилых городов» было подано в октябре 1645 г. с «большим невежеством». Эта ремарка источника — примечательное свидетельство нетерпения, которое стало выказывать уездное дворянство, не получая защиты от «сильных людей» и не имея возможности при сохранении режима «урочных лет» удерживать за собой крестьян. Однако при всем нетерпении уездное дворянство не переступало черты, отделявшей хотя и требовательное, но покорное обращение к власти от насильственных действий по отношению к ее представителям. Поэтому нет оснований полагать, что дворяне с самого начала принимали активное участие в восстании, как не следует и умалять влияние их позиции на последующие действия правительства.
С воцарением Алексея Михайловича в 1645 г. во главе правительства встал его воспитатель, властолюбивый и умный боярин Б. И. Морозов. Он пользовался безграничным доверием юного царя, полностью полагавшегося на своего «дядьку» в государственных делах. Поощряя увлечение своего воспитанника охотой и бесконечными походами по ближним и дальним святым местам, Морозов все более упрочивал свое положение у власти. Одним из проверенных способов этого было удаление от Двора на почетные воеводства влиятельных лиц прежнего царствования. Первым потерял значение Ф. И. Шереметев, а большая часть подведомственных ему приказов отбила к Борису Ивановичу. В результате, возглавив приказы Большой казны и Новой четверти, он встал во главе финансовой системы страны, а как глава Аптекарского и Стрелецкого приказов отвечал за царское здоровье и охрану особы государя, равно и за обеспечение порядка в столице. В 1646 г. Б. И. Морозов возглавил важный в военном отношении Иноземский приказ. На место оттесняемой прежней политической элиты насаждались люди, нередко из родов второстепенных, но старательные и преданные новому правителю. Таким был пожалованный в думные дьяки и поставленный во главе Посольского приказа и Новгородской чети Назарий Чистый, происходивший из рода ярославских торговых людей.
Стремясь навсегда закрепить за собой высокое положение, Б. И. Морозов виртуозно осуществил брачную комбинацию, с помощью которой он стал свояком государя. В январе 1648 г. с интервалом в 10 дней были сыграны две свадьбы — 18-летнего Алексея Михайловича и 57-летнего Бориса Ивановича. Оба женились на дочерях московского дворянина Ильи Даниловича Милославского. Причем Морозову досталась младшая из сестер, Анна Ильинична, поскольку старшая, Мария Ильинична, приглянулась царю. В течение двух недель после свадьбы тесть царя и Морозова из стольников был пожалован сначала в окольничие, а затем в бояре. В дальнейшем он неизменно признавал первенство Морозова, которому всецело был обязан своим возвышением. Этой брачной комбинации предшествовало несостоявшееся венчание Алексея Михайловича на самостоятельно им выбранной невесте Афимье Всеволожской, объявленной «испорченной» и повторившей судьбу Марии Хлоповой. Не исключено, что расстроенная свадьба была делом рук Морозова, подобно тому, как в судьбе первой невесты Михаила Федоровича роковую роль сыграли Салтыковы.
Словом, вокруг молодого царя, как и при его отце и при следующих государях, кипели страсти, шла открытая и скрытая борьба различных придворных группировок и отдельных личностей за влияние, власть, за возможность стяжания. Самой крупной оппозиционной по отношению к Морозову фигурой был Никита Иванович Романов, двоюродный дядя царя и один из самых богатых людей страны. Вокруг него, как и примкнувшего к нему боярина князя Я. К. Черкасского, также владевшего многолюдными вотчинами, объединились все оттесненные Морозовым лица. Им еще придется, правда, ненадолго выйти на первые роли. Пока же вся полнота правительственной власти сосредоточивалась в руках Бориса Ивановича, который должен был и отвечать за все, что исходило от лица этой власти. Его фигура заслоняла персону царя, в глазах подданных всегда окруженную божественным светом, и принимала на себя всю силу народной ненависти и гнева. К тому же недруги Морозова умело подогревали эту ненависть всевозможными слухами и толками о его всевластии, об оттеснении «доброго государя» от его «сирот» и «холопов», о неведении царя про их страдания. Слухи эти не были пустыми домыслами. Борис Иванович действительно старался держать своего бывшего воспитанника в стороне от дел, оберегая его от мирской докуки и жалоб. Но дело было не в объеме реальной власти, которой обладал царский любимец. Она вызывала раздражение лишь у той части политической элиты, которая по тем или иным причинам не сумела или не хотела оказаться под рукой Морозова. Для большинства жителей Москвы, служилого и податного населения в целом гораздо важнее бьио то, как он эту власть реализовывал и что конкретно предпринимал в тех или иных областях государственной политики.