Другая причина, вызвавшая восстание, заключалась в злоупотреблениях и алчности московской администрации. Об этом говорит тот факт, что гнев восставшего народа во время восстания, помимо центральной в правительстве фигуры Б. И. Морозова, был направлен против Л. С. Плещеева — главы Земского приказа, П. Т. Траханиотова — начальника Пушкарского приказа, дьяка Н. Чистого. В ходе восстания были разгромлены дворы А. М. Львова-Ярославского — управляющего дворцовыми приказами, Судным, Сытенным, Хлебным и Житенным дворами, Г. Г. Пушкина, ведавшего Оружейной палатой. Характерно, что среди разгромленных дворов источники не называют дворы и усадьбы владельцев «белых слобод» — Я. К. Черкасского и Н. И. Романова, а также богатых подмосковных монастырей. Это свидетельствует о том, что восставшие видели своих главных врагов не в беломестцах, а в лицах, стоявших у власти. Челобитная, составленная в разгар восстания 10 июня от лица «всенародного множества московского государства», содержала «всемирный плач», «стенание и вопль от сильных неправды и от земских воевод во градех, а в Москве от дьяков», жалобы на «мзду и на лукавство» приказных людей. «А всему великому мздоиманию Москва — корень», — резонно заключали челобитчики.
Особую ненависть московское посадское население питало к А. С. Плещееву, с именем которого в сознании современников соединились насилие, злоупотребление, беззаконие, мздоимство и своекорыстие. Не меньшее озлобление, но уже у приборных служилых людей вызывал их прямой начальник, шурин Морозова, П. Т. Траханиотов. В отличие от Плещеева он «не корыстовался» и не мздоимстовал, но в служении государеву делу проявлял неуемную жестокость и властность.
Восстание в Москве, как и большинство других волнений и выступлений, началось стихийно, когда степень негодования на произвол и притеснения властей, на безнаказанность их действий достигла высшего градуса. Правительство, привыкнув к вседозволенности, равно как и к покорности и терпению народа, не сумело правильно оценить обстановку в Москве и своими действиями вызвало взрыв, подтолкнув искавший у государя защиты посадский люд к насилию. Сначала все шло по обычному сценарию. 1 июня доведенные до предела приказными вымогательствами жители московских слобод и сотен окружили возвращавшийся с богомолья из Троице-Сергиева монастыря царский кортеж с громкими жалобами на насилия Л. С. Плещеева, требуя его замены. Но вручить челобитные царю, а также следовавшей за ним царице просителям не удалось, так как стрельцы грубо разогнали стоявших поблизости людей, арестовав наиболее настойчивых из них. Это вызвало взрыв возмущения и первые проявления готовности к более решительным действиям. В свиту придворных, среди которых находился и Морозов, полетели камни и палки. Некоторые бояре получили ранения.
На другой день, 2 июня, вслед за царем, возвращавшимся с крестного хода в Сретенский монастырь, возбужденная толпа в несколько тысяч человек ворвалась в Кремль. Схваченных накануне челобитчиков освободили, и царь обещал рассмотреть жалобы и наказать виновных. Однако время было упущено и возбуждение нарастало. К тому же к посадским людям примкнули стрельцы, которые на этот раз отказались разгонять толпу. Лишившись вооруженной опоры, правительство начало переговоры с восставшими. Источники сообщают, что некоторые из придворных в ободранном платье едва сумели скрыться в государевом дворце, другие парламентеры были оставлены заложниками до выдачи требуемых восставшими лиц. Так в течение суток народ из просителя превратился в сторону, диктующую правительству условия замирения, а условия для правящих верхов стали пугающе кровавыми. Теперь уже не отставки управленческой верхушки добивался московский люд, а выдачи самых одиозных фигур — Морозова, Плещеева и Траханиотова. Серьезность намерений подкреплялась начавшимися уже 2 июня погромами в Кремле и за его пределами.