Отечественные и иностранные источники, расходясь в определении количества разгромленных дворов (от 19 до 70), единодушны в вопросе о социальной принадлежности их владельцев. Разгрому подверглись дворы бояр, дворян, крупных купцов и приказных служителей — дьяКов и подьячих. В числе первых из них были дворы членов правительственной группы — Морозова, Траханиотова, Плещеева, Чистого. Затем дошла очередь и до других представителей политической элиты. Так, разгрому подверглись дворы Н. И. Одоевского, М. М. Темкина-Ростовского, А. М. Львова-Ярославского, а также дворы московских дворян О. Ф. Болтина, В. И. Толстова, Г. И. Неронова и других, дворы приказной бюрократии, богатого «гостя» Василия Шорина. Иностранные свидетели мятежа сообщают, что при разгроме морозовских хором восставшие не грабили, а уничтожали золотые и серебряные изделия, рубили топорами и саблями драгоценные вещи и одежду, толкли в порошок жемчуг и под крики «то наша кровь!» бросали все в огонь. Эти действия должны были убедить всех в справедливости возмездия и бескорыстии тех, кто выступал его орудием. Сосуды, остатки боярской рухляди, развезенны участниками и свидетелями восстания по всей России как доказательство того, что в Москве свершился суд над боярами, позднее были обнаружены в различных городах и селах.
Спасаясь, Б. И. Морозов и Л. С. Плещеев скрылись в царском дворце, а П. Т. Траханиотов, получив грамоту на воеводство в Устюжну Железопольскую, спешно ускакал в Троице-Сергиев монастырь. Погромы, как уже не раз бывало, сопровождались пожарами. Начавшиеся в Белом городе, они быстро перекинулись за Никитские и Арбатские ворота на Земляной город, уничтожая без различия все строения. Даже расположенный на Никитской улице двор Н. И. Романова — главного противника Б. И. Морозова — выгорел без остатка. Виновником начавшейся огненной стихии молва тут же сделала Морозова и его окружение, что еще более распалило гнев против них. В такой обстановке погасить мятеж уже не могли ни увещевания высших духовных лиц, ни усилия участвовавших в переговорах с народом думных чинов. Восстание нарастало с каждым днем, втягивая в свой водоворот новые, различные по своему статусу разряды населения.
Проявлением беспомощности власти и отчаяния царского окружения была выдача восставшим сторонников Морозова. Первой жертвой стал Плещеев. 4 июня в сопровождении палача его вывели на Красную площадь, но, не дойдя до плахи, он был растерзан бросившейся на него толпой. Через день был казнен Траханиотов, возвращенный по приказу царя из Троице-Сергиева монастыря. Жизнь Морозова у восставших вымолил сам Алексей Михайлович. Царь клятвенно обещал удалить его из Москвы и навечно отлучить со всем родом от всех государевых дел. Но только после подачи челобитной, выработанной 10 июня на совещании представителей посадской верхушки, московских дворян и служилого «города», Борис Иванович под охраной в несколько сот человек спешно выехал в Кирилло-Белозерский монастырь.
Долгое время текст челобитной был известен лишь в виде шведского перевода, приложенного к донесению шведского резидента в Москве Поммеренинга королеве Христине от 6 июля 1648 года. Е. В. Чистякова доказала его идентичность подлиннику, хранящемуся в Эстонском архиве в Тарту. Обычно он ошибочно считался одной из челобитных, поданных царю в начале восстания 2 июня. Центральным требованием челобитной было упорядочение судопроизводства и законодательства и созыв в этих целях Земского собора. Составители челобитной настаивали на том, чтобы царь сместил воевод и судей «неправедных» и передал суд из рук приказных людей в руки «праведных и рассудительных» судей, выбранных «мирскими людьми». По сути, речь шла о широком привлечении к суду и управлению на местах выборных представителей от посадских и служилых людей. Совместное обращение к государю посада и служилого «города» не могло не оказать на царя и его окружение сильного впечатления. Разумеется, оно усиливалось тревожной обстановкой продолжавшегося в Москве волнения.
Результатом стала смена правительства Морозова правительством Романова—Черкасского. Был отменен правеж недоимок с городского и уездного населения. Стрельцам и дворянам было выдано жалованье. В то же время на предложение челобитной о реформе суда реакции не последовало. Однако не было и резкой отповеди, какой спустя два года царь отреагировал на аналогичное предложение восставших псковичей.