Прошло чуть больше года после окончания восстания в Москве и других городах (1648—1649), как в двух крупнейших городах северо-запада России, во Пскове и в Новгороде, почти одновременно начались социальные выступления. Их особенность по сравнению с другими городскими волнениями заключалась в том, что в обоих городах воеводская власть была не просто парализована или на время смещена, но заменена земскими выборными структурами, а между городами была установлена связь. Распространение движения на пригороды Пскова, а также массовые волнения крепостных крестьян по всей Псковской земле и соседним с ней областям заставили правительство для подавления движения использовать не только военную силу, но и авторитет Земского собора, послав его делегацию для переговоров с восставшими псковичами.
Восстание во Пскове началось в конце февраля 1650 г. Непосредственным толчком к нему послужила попытка правительства рассчитаться со Швецией за перебежчиков из областей, захваченных ею у России, хлебом, скупленным на псковском рынке. В условиях недостатка хлеба крупная закупка ржи, осуществленная по указу правительства гостем Федором Емельяновым, привела к резкому подъему цены на хлеб. Это вызвало массовое недовольство и протест псковских горожан. Они потребовали, чтобы псковский воевода Н. С. Собакин задержал вывоз хлеба, захватили и подвергли допросу шведского агента Логина Нумменса, разгромили двор Федора Емельянова, а также дворы некоторых «лучших» посадских людей, дворян и духовенства.
Выступление во Пскове и начавшееся в середине марта восстание в Новгороде с самого начала демонстрировали глубокое размежевание между верхами и низами городского населения. Социальной базой движения в обоих случаях были рядовые, «молодшие», посадские люди и приборные чины — малосостоятельные стрельцы, казаки, пушкари и воротники. В Новгороде, как и во Пскове, в первый же день восстания его участники разграбили дворы «лучших» посадских людей, арестовали, обыскали и допросили датского посланника Иверта Краббе. Новгородский воевода князь Ф. А. Хилков, спасаясь от ворвавшихся к нему во двор людей, скрывался у митрополита Никона. Во Пскове прежний воевода Собакин и присланный на его место князь В. П. Львов содержались под стражей. Арестован также был посланный из Москвы для проведения сыска во Пскове князь Ф. Ф. Волконский.
С упразднением воеводской власти центром управления во Пскове и в Новгороде стали земские («всегородные») избы в составе земских старост и «выборных людей». Среди «выборных» преобладали «молодшие» и «средние» посадские люди, преимущественно ремесленники, и стрельцы, хотя были и представители дворян и духовенства. В Новгороде выборная власть проявить себя не успела, так как уже в середине апреля город был занят правительственными войсками под командованием князя И. Н. Хованского. Показательно, что в составе делегации, которая била Хованскому челом о прощении, были стрелецкие начальники и верхи посада, но не было «молодших» посадских людей. Вступив в город, Хованский начал расследование, арестовав многих новгородцев. Позднее часть из них была отпущена на поруки. Этому способствовало углубление восстания во Пскове, заставившее правительство идти на уступки.
Возглавлявшие псковскую «всегородную» избу двое земских старост хранили у себя ключи от города и от амбаров, выдавали наказы и памяти за печатями земской избы, распоряжались государевыми военными запасами (порохом, свинцом). Было конфисковано имущество некоторых дворян и зажиточных посадских людей, а из боярских житниц раздавался хлеб. Особым авторитетом во Пскове пользовался земский староста Гаврило Демидов. В наиболее важных случаях на площади перед земской избой по звону «всполошного» колокола собирался мирской сход. Это устройство восставшего Пскова, как отметил еще М. Н. Тихомиров, внешне сильно напоминало псковские порядки эпохи его самостоятельности. Видимо, на это обратило внимание и правительство, когда после восстания отправило «воровские» печати земских старост и всполошный колокол в Москву.
Получив известие о сдаче Новгорода, псковичи начали работы по укреплению города, наотрез отказавшись впустить отряд Хованского, который вынужден был ограничиться блокадой Пскова. Она затянулась почти на три месяца (июнь — август 1650 г.). О требованиях восставших известно из единственной сохранившейся коллективной челобитной государю, составленной в земской избе от имени «всего мира». В ходе дальнейшего расследования, правда, выяснилось, что рукоприкладства дворян и детей боярских были получены под принуждением и «весь де завод и воровской умысл» был от старосты, от стрельцов и от посадских «мелких людей, а добрые нихто к ним не приставают».