Отец Василия, Иван Андреевич, был опытным военачальником и погиб в 1572 г. во время очередного Ливонского похода. Старшим в семье стал Василий. На его попечении оказались четыре брата: Андрей, Дмитрий, Александр и Иван. Придворную службу Василий Иванович начал довольно поздно, приблизительно в 22 года (считается, что он родился в 1552 г.). Во время военных походов царя Ивана был рындой и нес его лук со стрелами, на свадьбе с Марией Нагой был дружкой жениха, что являлось одной из наиболее почетных должностей. Боярский чин был присвоен Василию Ивановичу либо в последние годы царствования Ирана Грозного, либо сразу после воцарения Фёдора Ивановича. Выступление его родственников против царицы Ирины отразилось и на его карьере — на несколько лет он был сослан в Галич. Реабилитироваться удалось только после расследования Угличской трагедии 1591 г. Во время царствования Бориса Годунова Шуйские занимали достаточно высокое положение, поскольку Дмитрий был женат на сестре царицы. Василий активно старался помочь царю в борьбе с самозванцем. Неоднократно выступал перед москвичами и уверял их в том, что истинный Дмитрий погиб много лет назад в Угличе и там похоронен. Выиграл сражение при Добрыничах.
Но после свержения самозванца В. И. Шуйский не захотел реабилитировать царя Бориса. За ним так и осталась «слава» убийцы царевича Дмитрия. Причина заключалась в том, что для окончательного разоблачения «Расстриги» было решено объявить царевича новым святым мучеником. Самоубийца на эту роль не годился.
Сразу после воцарения Василия в Углич была отправлена комиссия во главе с ростовским митрополитом Филаретом. (Лжедмитрий не только вызволил из ссылки всех оставшихся в живых Романовых, но возвысил: монах Филарет стал митрополитом, а его брат Иван — боярином.) Она должна была найти захоронение настоящего Дмитрия и привести его останки в столицу. Это должно было окончательно убедить всех сомневающихся в том, что истинный царевич давно умер.
3 июня гроб с нетленными мощами последнего сына Ивана Грозного торжественно встретили в Москве его мать Марфа Нагая, царь Василий и все духовенство во главе с новгородским митрополитом Исидором. Патриарха в то время все еще не было, поэтому даже обряд венчания В. И. Шуйского на царство осуществлял именно этот митрополит. Позднее царь скрывал данный факт, поскольку венчать его должен был патриарх по установленному при Федоре Ивановиче чину, но дожидаться его избрания Шуйский не захотел.
После переноса мощей царевича Дмитрия в Москву, по всем городам тут же были разосланы грамоты о нетленности его мощей, свидетельствующей об его святости.
Однако далеко не все верили Шуйскому. Многие задавали себе вопросы: Как же все‑таки погиб «царь Дмитрий Иванович»? Кем и как был избран новый царь Василий Шуйский? Если Лжедмитрий был чародеем и «прельстил москвичей омрачением бесовским, то не омрачены ли они теперь уже Шуйским, ведь он сел на престол без воли земли?»
У современников были сомнения не только относительно законности воцарения Василия, но и относительно его способности управлять страной и основать династию. Вот как описывал его известный историк В. О. Ключевский: «После царя‑самозванца на престол вступил князь В. И. Шуйский, царь‑заговорщик. Это был пожилой 54‑летний боярин, небольшого роста, невзрачный, подслеповатый, человек неглупый, но более хитрый, чем умный, донельзя изолгавшийся и заинтриговавшийся, прошедший огонь, воду, видевший плаху и не попробовавший ее только по милости самозванца, против которого он исподтишка действовал, большой охотник до наушников и сильно побаивавшийся колдунов».
При таких качествах и внешности В. И. Шуйский не мог внушить подданным ни любви, ни даже симпатий. Кроме того, у него не было наследников, и в момент восхождения на трон он был вдовцом.
Вероятно, новый царь понимал, что его положение шатко, поэтому решил укрепить трон с помощью патриарха. Выбор пал на казанского митрополита Гермогена, хорошо известного непримиримой борьбой с самозванцем (он публично порицал лжецаря за женитьбу на католичке).
Но все попытки Василия убедить подданных в законности своего воцарения оказались напрасными. К осени выяснилось, что его власть отказываются признавать все северские города и Поволжье — от Нижнего Новгорода до Астрахани, где большой популярностью пользовался некий «царевич Петруша», называвшийся сыном Фёдора Ивановича.
Царь Василий попытался исправить положение и направил к Астрахани рать Ф. И. Шереметева, в Кромы — князя Ю. Н. Трубецкого, в Елец — князя И. М. Воротынского. Но первому взять Астрахань не удалось и пришлось зазимовать на волжском острове Балчик; второй был полностью разгромлен, третий был вынужден отойти к Туле, где его войско распалось — дворяне не захотели проливать кровь за боярского царя.