В августе стало известно, что к столице движутся полки эмиссара Лжедмитрия И. И. Болотникова. По пути к нему присоединились городовые дружины Венёва, Рязани и других юго‑западных городов. 23 сентября царский брат И. Шуйский попробовал остановить болотниковцев у впадения Угры в Оку, но был разгромлен. Второй бой состоялся у села Троицкого 25 октября. Но и он оказался неудачным для царских воевод. 28 октября повстанцы подошли к Коломенскому и начали пятинедельную осаду столицы.
Положение царя Василия оказалось просто катастрофическим. Он был заперт в Москве среди бунтующей страны, не имея ни армии, ни какой‑либо поддержки извне. Волновались даже москвичи и постоянно требовали объяснений происходящего. В этом тяжелейшем положении Василий нашел только одного союзника — церковь в лице Гермогена. По инициативе иерарха была публично зачитана «Повесть о видении некоего мужа духовна», написанная благовещенским протопопом Терентием. В ней свалившиеся на страну беды объяснялись всеобщей греховностью, включая и царя, и патриарха. Чтобы отвратить Божий гнев, были организованы массовые акции покаяния и молебны. Они сплотили жителей вокруг церкви и царя.
Кроме того, в стан болотниковцев стали засылаться лазутчики, которые уверяли городовых воевод в том, что никакого «царя Дмитрия» нет, а есть лишь сборище босяков и головорезов, которые хотят нажиться за чужой счет с помощью разбоев и грабежей. Поскольку действительно «Дмитрий», всегда любивший военные походы, не появлялся, то многие стали сомневаться в том, что он жив. Вскоре рязанские воеводы П. Ляпунов и Г. Сунбулов покинули стан болотниковцев и перешли на сторону царя Василия. Их примеру последовал и венёвский воевода И. Пашков. Это существенно ослабило войско И. Болотникова, поэтому 1 декабря в битве у деревни Котлы оно потерпело поражение от молодого и талантливого полководца М. В. Скопина‑Шуйского. Известите о том, что на помощь Москве идут дружины из Смоленска, заставило Болотникова принять решение отойти к Калуге.
Следует отметить, что среди русской знати вряд ли кто‑нибудь верил в «чудесное спасение» «царя Дмитрия». Его бывшие сторонники, когда‑то предавшие царя Бориса, князья Б. П. Татев и И. В. Голицын, мнимые родственники М. А. Нагой и И. Н. Романов, сражались на стороне Василия Шуйского. Напротив, зять С. Н. Годунова — князь А. А. Телятевский оказался в стане Болотникова и бился за интересы самозванца. Получалось, что каждый выбирал себе того государя, который сулил ему большую выгоду.
К весне 1607 г. для царя Василия сложилась благоприятная ситуация. Смоляне освободили Дорогобуж, Вязьму, Можайск. Понизовая рать Ф. И. Шереметева заставила «царевича Петрушу» покинуть Поволжье и убедила жителей Арзамаса, Нижнего Новгорода, Свияжска и других волжских городов присягнуть Шуйскому.
Чтобы вновь сплотить подданных вокруг себя, царь Василий вместе с Гермогеном и привезенным из Старицы патриархом Иовом устроили церемонию всеобщего покаяния. Во время нее простые люди с воплем и плачем припадали к ногам слепого Иова и просили у него прощение за то, что помогали «злобному еретику Лжедмитрию» и нарушили крестное целование патриарху и Годуновым. Это, как полагал царь, должно было остановить их от нового предательства.
Уступкой дворянству стал изданный 9 марта 1607 г. закон — Соборное уложение, согласно которому срок сыска беглых крестьян увеличивался с 5 лет до 15, т. е. к владельцу должны были вернуться крестьяне, записанные в 1592 г. в писцовые книги. Но добровольных холопов кабалить было нельзя. Обычно в их числе были обедневшие дворяне, нанимавшиеся в услужение к боярам и князьям.
В это время путивльскому воеводе князю Г. Шаховскому удалось убедить «царевича Петрушу», который был всего лишь молодым казаком Ильей из Мурома, взять на себя роль монарха, поскольку «Дмитрия» в реальности все еще не было. Во главе казачьего войска он направился на помощь осажденному в Калуге Болотникову. Вместе им удалось прорваться к Туле и начать подготовку нового похода на Москву.
В. И. Шуйский тоже стал собирать воинских людей. Поскольку казна была растрачена еще его предшественником, пришлось увеличить налоги, повысить таможенные платежи, изъять ценности у богатых монастырей (снова у Троице‑Сергиева), просить деньги у зажиточных людей, в частности у Строгановых, которые в благодарность получили право писаться с отчеством (до этого такое право имели только представители высшей знати).