Поначалу Первое ополчение управлялось советом всех воевод. Но когда основные военные действия закончились, было решено создать временное правительство. 30 июня на собрании всех воинов были избраны члены правительства и утвержден Приговор — своеобразный манифест о целях и задачах ополченцев, о правах и обязанностях воевод и простых воинов и т. д. Чтобы Приговор стал обязательным для всех законом, каждый ополченец поставил под ним свою подпись.
В правительство вошли три главных воеводы: князь Д. Т. Трубецкой, И. М. Заруцкий (в Тушине они получили боярские чины) и П. П. Ляпунов, имевший чин думного дворянина. В ведении Ляпунова оказалось материальное снабжение войска, самое важное и сложное в то время.
Было решено, что никто не будет грабить население и монастыри и самовольно изымать ценности. Продовольствие, оружие, провиант и т. д. должны поступать через созданные приказы из городов, поддерживающих патриотов. Кроме того, ополченцы взяли под свой контроль дворцовые земли и владения бояр‑изменников.
Прокопий стремился к тому, чтобы во всех действиях ополченцев был закон и порядок. Однако многим вольным казакам это не нравилось. Они считали, что могут с помощью оружия брать у мирных жителей все, что им нравится. Особенно был недоволен Ляпуновым И. Заруцкий, желавший бесконтрольно присваивать чужие богатства и в итоге посадить на престол свою пассию Марину Мнишек с сыном Лжедмитрия II Иваном. Ляпунов был категорически против Марины и «Ворёнка» (так в народе называли ее сына) и считал более подходящей кандидатуру шведского королевича Карла‑Филиппа. Ее предлагали ополченцам новгородцы, вступившие в переговоры со шведским королем. Однако после захвата Новгорода шведами 17 июля 1611 г. вопрос о королевиче был снят.
Активная деятельность П. П. Ляпунова не нравилась не только атаманам, но и осажденным полякам. Через своих лазутчиков им стало известно о зреющем среди ополченцев конфликте, и они решили его усилить. Казакам была подброшена грамота, якобы написанная Ляпуновым к городовым воеводам, в которой он приказывал расправляться с любыми казаками, как с разбойниками и грабителями. Естественно, что она вызвала возмущение. Атаманы потребовали, чтобы Ляпунов пришел на казачий круг и объяснился, при этом они пообещали, что его жизни ничего не будет угрожать.
25 июля Прокопий встретился с казаками и попытался убедить их в том, что попавшая к ним грамота — подложная. Но никто не стал его слушать. Казаки набросились на воеводу и зарубили саблями.
Убийство одного из руководителей ополчения глубоко возмутило представителей городов, т. е. «земцев». Многие из них покинули подмосковный стан и разъехались по домам. Это очень ослабило Первое ополчение. Более того, своеволие и наглость казаков подорвали доверие к ним простых людей. Централизованное снабжение войска продовольствием и всем необходимым почти прекратилось. Жизнь в лагере стала очень трудной. Только настойчивость и упорство Д. Т. Трубецкого спасали ополчение от полного развала. Чтобы поднять моральный дух воинов, вместе с духовенством он организовал перенос из Казани чудотворного образа Казанской Богоматери. Святыня должна была стать покровительницей всех патриотов. Когда процессия с иконой достигла лагеря, князь Дмитрий Трубецкой вышел навстречу, преклонил колени и поцеловал святыню. В это время Заруцкий гарцевал на коне и осыпал его насмешками. Всем присутствующим стало ясно, что раскол между руководителями ополчения неизбежен.
Находившийся в тюрьме патриарх Гермоген с горечью узнал, что в стане ополченцев нет единства, что его ряды уменьшаются, и общее великое дело вот‑вот может закончиться прахом. Поэтому вновь его посланцы отправились в города поднимать на борьбу новых патриотов. Вскоре к патриарху присоединились и монахи Троице‑Сергиева монастыря во главе с архимандритом Дионисием. Их грамоты нашли живой отклик в Нижнем Новгороде.
В начале осени 1611 г. земский староста Кузьма Минин обратился к горожанам с призывом собрать средства для подготовки нового ополчения. Все стали жертвовать самое ценное. Откликнулись и воинские люди, главным образом смоляне, которые переселились в поволжский район после захвата Смоленска королем летом, 3 июня 1611 г. Оставалось найти полководца.
Выбор пал на лечившегося в своем имении недалеко от Нижнего Новгорода князя Дмитрия Михайловича Пожарского. Он давно был известен как опытный и отважный полководец, уже успевший сразиться с поляками в Москве в дни мартовского восстания. Кузьма Минин стал его верным помощником. Земский староста организовал не только сбор пожертвований, но и «пятой деньги», т. е. пятой части всего имущества. Пожарский же занялся формированием полков. К смолянам и нижегородцам вскоре присоединились дорогобужане, вязьмичи, жители Балахны и Гороховца. Общая численность войска достигла 3 тыс. чел.