В марте 1612 г. Второе ополчение выступило к Ярославлю, где находилось много артиллерийских орудий, всевозможное вооружение, привезенное из других городов. В апреле было сформировано временное правительство, названное «Советом всей земли». Его главой стал Пожарский, получивший титул «По избранию всей земли Московского государства всяких чинов людей у ратных и у земских дел стольник и воевода князь Дмитрий Михайлович».
В Ярославль постоянно прибывало подкрепление из других городов: Касимова, Темникова, Кадома, Алатыря. В итоге численность войска Второго ополчения стала превышать 10 тыс. чел.
Первоначально планировалось войти в контакт с руководителями Первого ополчения, но вскоре выяснилось, что те присягнули на верность очередному Лжедмитрию, уже третьему, который объявился в Пскове. В народе его называли Сидоркой. Пожарский и Минин с такими «воровскими личностями» дел иметь не хотели. Более подходящей им показалась кандидатура шведского королевича Карла‑Филиппа, который уже считался государем Новгорода. По этому поводу начались переговоры с новгородцами, но, может быть, их цель состояла не в том, чтобы посадить шведа на русский престол, а в том, чтобы получить помощь для борьбы с поляками.
И. Заруцкий был крайне недоволен созданием Второго ополчения, поскольку понимал, что его безраздельной власти и самоуправству вскоре придет конец. Поэтому он даже попытался подослать к Пожарскому убийц. Но те были схвачены и разоблачены.
Д. Трубецкой вскоре понял, что с вольными казаками ему не по пути. Разоблачен и пойман был и Псковский вор Сидорка. Поэтому полководец решил вступить в союзнические отношения с руководителями Второго ополчения. Их помощь оказалась крайне необходимой, когда летом 1612 г. пришла весть о движении к Москве войска гетмана Хоткевича.
По призыву Трубецкого Второе ополчение двинулось к столице. Путь проходил через Ростов, Переславль, Троице‑Сергиев монастырь. Архимандрит Дионисий со старцами радостно приветствовал патриотов в Троице‑Сергиевом монастыре и благословил их на решающую битву. Такова была традиция со времен Куликовской битвы.
20 августа войско Пожарского и Минина подошло к Москве. Там стояли только оборванные и изголодавшиеся полки Трубецкого. Заруцкий же с казаками предпочел отправиться в Коломну, где его ждали Марина Мнишек с сыном Иваном.
Поначалу войско Второго ополчения не решилось объединиться с Первым, помня о печальной участи Прокопия Ляпунова, и расположилось на берегу Яузы. Это очень обидело Трубецкого, который решил не помогать «богатым ярославцам» в сражении с гетманом.
22 августа в районе Чертольских ворот началась битва. На следующий день у Донского монастыря поляки пошли на прорыв. Только помощь казаков Трубецкого спасла положение, в котором оказались отряды Пожарского. Затем засадный полк Минина окончательно разгромил поляков. Гетман был вынужден отойти от Москвы, оставив победителям 400 возов с продовольствием, предназначенным для осажденного в Китай‑городе и Кремле польского гарнизона.
Совместные сражения сплотили ополченцев, распри закончились, и все стали готовиться к решающему штурму. 22 октября 1612 г. после непродолжительного боя был взят Китай‑город. Оборонять его было почти некому. Голод и болезни нанесли большой урон польскому гарнизону. Русские люди сражаться со своими братьями не хотели.
26 октября сдался и Кремль. Поляки во главе с полковником Струсем были арестованы, а русским боярам было позволено отправиться в свои вотчины для поправки здоровья, подорванного длительным голоданием. В числе тех, кто покинул Москву, были и будущий царь Михаил Романов и его мать — монахиня Марфа.
Власть в государстве перешла к временному правительству «Совет всей земли». Правителем стал считаться Д. Т. Трубецкой, а его помощником — Д. М. Пожарский, поскольку первый носил боярский чин, а второй был всего лишь стольником. Для наведения порядка и управления страной были созданы несколько приказов: Посольский, Поместный, Разрядный, Земский. Но главной своей задачей правители считали избрание нового царя.
Смутное время показало русским людям, что созданное московскими князьями единое государство необходимо и им. По этому поводу исследователь XIX–XX вв. П. Г. Васенко написал следующее: «Когда на чашу весов была поставлена сама судьба Московского царства — облик этого царства с его создавшимся веками величием, с его историческими традициями, с его славным прошлым, восторжествовал в умах и сердцах русских людей над теми тяготами, которые терпели они во имя этого царства, над опасными, как оказалось, стремлениями «себе полегчить»».
Чехарда на престоле и междоусобная борьба привели к тому, что государство ослабло и стало объектом интервенции соседних государств. Если бы Смута продлилась, то оно исчезло бы совсем, а его земли были бы разграблены польскими и шведскими королями.