Михаил понимал, что без опоры на все слои населения ему не поднять страну из руин. Поэтому одной из главных опор своей власти он сделал Земские соборы. С 1613 по 1622 гг. они действовали почти непрерывно, став совещательным и исполнительным органом власти, поскольку своим авторитетом на местах выборщики способствовали претворению в жизнь царских указов.
На Земских соборах решались вопросы о сборе чрезвычайных налогов — «пятинных денег» (пятой части имущества) и «запросных денег» (добровольных пожертвованиях), об отправке войск против И. Заруцкого, вольных казаков, поляков и шведов, об условиях заключения мирных договоров с соседними державами, о реформах в стране и многое другое.
В полном составе Земский собор состоял из четырех курий: Освященного собора (высшего духовенства), Боярской думы, представителей московского дворянства и купечества и выборных от городов и уездов. Работа собора начиналась с общего заседания, на котором думный дьяк от имени царя (в экстренных случаях выступал сам царь) излагал вопросы, на которые следовало ответить членам собора. Обсуждение проходило по куриям, и ответ подавался в письменном виде дьяку. Окончательное принятие решения было прерогативой царя, но он выносил его в зависимости от мнения членов собора.
Еще одним совещательным органом власти была Боярская дума, в которую входило около 30–40 человек не только бояре, но и окольничие, думные дворяне и дьяки. Обладала дума и управленческими функциями через систему временных боярских комиссий. Они создавались для ведения посольских переговоров, решения местнических споров, судных дел, руководства работой некоторых особо важных приказов, управления страной в отсутствие царя. Секретные дела решались Ближней думой, состоящей, как правило, из четырех бояр.
Во время Смуты некоторые приказы не прекращали своей работы. Так, даже в ополчениях были Посольский, Разрядный, Поместный и Земские приказы. Поэтому Михаилу предстояло только их расширить и пополнить новыми дьяками и подьячими. Вскоре общее число приказов достигло 40, но не все из них были постоянно действующими. Некоторые создавались только для решения конкретной задачи, а потом упразднялись. Постоянными приказами, кроме указанных выше, были: Стрелецкий, Пушкарский, Казачий, позднее Иноземный и Рейтарский, которые занимались военными делами; Разбойный организовывал борьбу с лихими людьми; Челобитный собирал жалобы на чиновников и властей; Ямской ведал ямской гоньбой; Холопий регистрировал кабальные записи; Московский и Владимирский судные приказы занимались судопроизводством; Аптекарский следил за здоровьем членов царской семьи; Большая казна собирала налоги в царскую казну: Денежный двор занимался изготовлением монет; Казанскому и Сибирскому приказу подчинялись соответствующие территории.
Приказы возглавлялись судьями из числа бояр или окольничих и думными дьяками. В каждом приказе были судейское присутствие и канцелярия, которая делилась на столы — своеобразные отделы. Материальное обеспечение служащих осуществлялось за счет собираемых в данном приказе налогов и податей (за судопроизводство, составление документов и т. д.) Судьи и думные дьяки имели земельные владения и получали денежный оклады. Рядовые дьяки и подьячие — только деньги.
В Смуту местное управление во многих городах сохранялось, поэтому в него были внесены лишь некоторые коррективы. Воеводы стали назначаться на 1–2 года из дворян по московскому списку. В их ведении находились приказные избы, копировавшие структуру столичных приказов. Они занимались вопросами обороны, строительства укреплений, дорог, мостов и т. д. Сбором налогов, обычно занимались выборные губные старосты и целовальники. Иногда по просьбе горожан (не приграничных городов) царь разрешал обходиться без воевод — управляться только посредством губных старост. Это делало городское управление более демократичным.
Особого внимания требовали приграничные города, поскольку Россия была в состоянии войны с Речью Посполитой, Швецией и образовавшимся на юге Астраханским государством Марины Мнишек и И. Заруцкого. В 120 городах‑крепостях были заменены воеводы и присланы осадные и стрелецкие головы. Им следовало отремонтировать укрепления, провести ревизию вооружения, переписать ратных людей, разделить на сотни и выбрать для каждой начальника — голову.
Еще одной неотложной задачей стало наполнение казны. Поскольку страна была разорена, и население было не способно сразу выплатить налоги за смутные годы, было решено обратиться к богатым промышленникам Строгановым (к ним в трудное время обращался и Василий Шуйский). В царской грамоте писалось, что «для крестьянского покою и тишины», Михаил просит Строгановых дать взаймы денег, хлеба, рыбы, соли, сукон и всяких товаров. Промышленники не отказали и сначала дали 3000 руб., а потом несколько раз и более крупные суммы.